当前解析结果
SmilChr04G001845| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001845 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001845 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G001845 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 30057955 - 30067646 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023266 |
|---|---|
| GeneID | 131023266 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023266 |
| 原始查询 | SmilChr04G001845 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT3G24255 (AT3G24255)RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013] identity=28.5; qcov=0.291; evalue=3.02e-44; confidence=weak |
| Rice | Os06g0484800- identity=30.2; qcov=0.531; evalue=1.34e-104; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023266 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057808794.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057808794.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057808794.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808794.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808794.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:30058039 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr4:30058041 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | A25,C19 |
Chr4:30058041 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A25,C19 |
Chr4:30058044 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A24,C42 |
Chr4:30058158 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B75 |
Chr4:30058211 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 49 | A10,A2,A21,A24,A3,B101,B110,B112,B115,B117,B118,B126,B127,B13,B130,B133,B137,B140,B24,B34,B45,B46,B56,B59,B6,B70,B80,B85,B87,B88,B96,B99,C17,C21,C41,C42,C44,C57,C58,C65,C67,C7,C73,C76,C77,C78,D1,D4,D6 |
Chr4:30058256 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B7 |
Chr4:30058622 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A18,B53 |
Chr4:30058650 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A20,B63,C53,C54 |
Chr4:30058709 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | D11,D7 |
Chr4:30058768 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B43 |
Chr4:30059518 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B108 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808794.1PF00078
RVT_1 354-600 aa
PF13966
zf-RVT 866-938 aa
PF13456
RVT_3 1068-1187 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808794.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 354 | 600 | 5.6e-27 | 95.6 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
XP_057808794.1 |
Pfam | PF13966 |
zf-RVT | Domain | 866 | 938 | 2.4e-14 | 54.4 | zinc-binding in reverse transcriptase |
XP_057808794.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 1068 | 1187 | 3.5e-17 | 63.2 | Reverse transcriptase-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。