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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001851

染色体: Chr04 坐标: 30175640-30177631 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001851
名称SmilChr04G001851
描述uncharacterized SmilChr04G001851
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向30175640 - 30177631 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023269
GeneID131023269
locus_tag-
NCBI NameLOC131023269
原始查询SmilChr04G001851

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023269

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808798.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057808798.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808798.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808798.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808798.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:30175855 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B39,B55,C59
Chr4:30175864 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B39,B55,C59
Chr4:30175895 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C39
Chr4:30175926 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 5 B51,C14,C58,C65,C73
Chr4:30175926 C CT 1bp_insertion CDS_variant 5 B51,C14,C58,C65,C73
Chr4:30175937 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,B45,C63,C67
Chr4:30175951 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr4:30175957 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B114
Chr4:30175957 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 B114
Chr4:30175977 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B59,C49,C53,C55,D4
Chr4:30175983 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B63
Chr4:30175984 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 111 A18,A19,A2,A21,A22,A23,A25,A3,A4,A7,B1,B101,B103,B106,B11,B113,B119,B120,B124,B125,B126,B128,B129,B131,B135,B140,B15,B17,B19,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B30,B33,B34,B36,B39,B41,B42,B43,B44,B46,B48,B49,B51,B56,B58,B59,B61,B66,B67,B68,B71,B74,B80,B84,B87,B89,B9,B90,B92,B93,B94,B95,B96,B97,C11,C12,C15,C16,C17,C18,C2,C26,C27,C29,C3,C30,C34,C36,C38,C4,C40,C44,C45,C46,C48,C52,C58,C59,C60,C68,C69,C7,C76,C80,C81,C83,C84,C86,C9,D4,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952815.1
TTATATTCATACACGACGTAATATTTCGCGTGTCGTCTTTAATTTAATAGACAACGTGGGTTATGCATGTCGTGTCTTTTAATTCAAAATCAGAGAGAATTCCCCATCTCTCTTTTCTCATTCCTCGGCTGAAACCCCCAAACACATGTCTCTCTCTCTCTCTCCTTCTCGAAGGTACGTTGAGAACTCCTCATCTCTCTCGATATGTTTCCGGCGAGGAATCCGGCGCCGCCGCCGTCGACCATCTCGCTGAGCCTCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023269
ATGTTTCCGGCGAGGAATCCGGCGCCGCCGCCGTCGACCATCTCGCTGAGCCTCCGTTTCCATCCTCTCTCAATCTGTTCCTCTTCCTCAAATCCTCTGGAGAAGGCGAAAATGAAAAGCCCCAATTTTTCTCCTTCATCTAAATCGTGCCCTAGCTCTTCCTCTGCCCAAATTTTCGCCGCCCTGCTGCAACTTCCGAAGGCATCGCCGCCCTCCGCGGCTCTGAAACTTCGGCAAAGTCGACGCCGTGCACCCGAGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808798.1
MFPARNPAPPPSTISLSLRFHPLSICSSSSNPLEKAKMKSPNFSPSSKSCPSSSSAQIFAALLQLPKASPPSAALKLRQSRRRAPERLSLSIPVHNRARLLANGARPSLFPCGSPPRIAPAKGKICFRIVVSSHIVSSQFPWPSLLLKKWMLFRKESLNGHGRVTTSGESEPPSSSLSSHFDITLNDFPMGSPVAGVDSVATDHKPSNPFDLPYDSDMESTNMVRTLCACCIAY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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