当前解析结果
SmilChr04G001853| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001853 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001853 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G001853 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 30181075 - 30184216 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131023270 |
|---|---|
| GeneID | 131023270 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023270 |
| 原始查询 | SmilChr04G001853 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os03g0643433; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os03g0643433; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT3G24255 (AT3G24255)RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013] identity=28; qcov=0.585; evalue=9.91e-43; confidence=low |
| Rice | Os03g0643433- identity=25.1; qcov=0.73; evalue=1.01e-51; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023270 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057808799.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057808799.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057808799.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808799.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808799.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:30181095 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:30181102 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A20,C54,D6 |
Chr4:30181112 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr4:30181118 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B7 |
Chr4:30181122 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 34 | A13,A19,A3,A9,B104,B109,B111,B12,B13,B132,B140,B26,B28,B3,B4,B47,B55,B74,B77,B98,C13,C2,C20,C28,C30,C4,C5,C72,C73,C82,C83,D10,D7,D8 |
Chr4:30181146 |
GTT |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 3 | A15,B38,C62 |
Chr4:30181146 |
GTT |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 3 | A15,B38,C62 |
Chr4:30181175 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B30,B81,C59,C6,C84 |
Chr4:30181179 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 18 | B106,B13,B130,B139,B15,B17,B52,B57,B64,B70,B86,C1,C49,C52,C60,C65,C70,C80 |
Chr4:30181202 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A15,C62 |
Chr4:30181211 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A15,C62 |
Chr4:30181228 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 4 | A22,B121,B81,C80 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808799.1PF00078
RVT_1 3-171 aa
PF13966
zf-RVT 440-521 aa
PF13456
RVT_3 519-600 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808799.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 3 | 171 | 1.3e-15 | 58.6 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
XP_057808799.1 |
Pfam | PF13966 |
zf-RVT | Domain | 440 | 521 | 3.9e-20 | 73.0 | zinc-binding in reverse transcriptase |
XP_057808799.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 519 | 600 | 2.7e-10 | 40.9 | Reverse transcriptase-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。