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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001854`

染色体: Chr04 坐标: 30184688-30186658 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001854`
名称	SmilChr04G001854
描述	putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g64310
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	30184688 - 30186658 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019715`
GeneID	`131019715`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019715`
原始查询	`SmilChr04G001854`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g64310
产物	putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g64310
Arabidopsis	`AT1G64310` (AT1G64310) Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842737] identity=49.6; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0545900` - identity=41.6; qcov=0.89; evalue=2.29e-125; confidence=medium
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF20431 (E_motif)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019715

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057804288.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057804288.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804288.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057804288.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057804288.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:30184852`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr4:30184969`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,C42,C73
`Chr4:30185143`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B31
`Chr4:30185365`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A20,C54
`Chr4:30185407`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B76
`Chr4:30185429`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:30185446`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B31
`Chr4:30185508`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A13,C13
`Chr4:30185630`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:30185779`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B12,D10,D11
`Chr4:30185939`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B76
`Chr4:30186062`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804288.1

554 aa

277

554

PPR_2

PPR

PPR_2

PPR

PPR_2

PPR

E_motif

PF13041 PPR_2 68-115 aa PF01535 PPR 71-97 aa PF01535 PPR 143-162 aa PF13041 PPR_2 169-217 aa PF01535 PPR 172-202 aa PF01535 PPR 274-303 aa PF01535 PPR 347-374 aa PF13041 PPR_2 372-421 aa PF01535 PPR 375-398 aa PF01535 PPR 411-437 aa PF20431 E_motif 490-552 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804288.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	68	115	4.7e-42	142.6	PPR repeat family
`XP_057804288.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	71	97	8.9e-38	126.6	PPR repeat
`XP_057804288.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	143	162	8.9e-38	126.6	PPR repeat
`XP_057804288.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	169	217	4.7e-42	142.6	PPR repeat family
`XP_057804288.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	172	202	8.9e-38	126.6	PPR repeat
`XP_057804288.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	274	303	8.9e-38	126.6	PPR repeat
`XP_057804288.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	347	374	8.9e-38	126.6	PPR repeat
`XP_057804288.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	372	421	4.7e-42	142.6	PPR repeat family
`XP_057804288.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	375	398	8.9e-38	126.6	PPR repeat
`XP_057804288.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	411	437	8.9e-38	126.6	PPR repeat
`XP_057804288.1`	Pfam	`PF20431`	E_motif	Repeat	490	552	2.1e-09	38.2	E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948305.1
TTTTTTTTTAATAAAATCGCAGTTTAATAATAATATATTTTGTTAGAAAATGAAATTTAAATATGCTTCGTGTAACCTGTTTTTAAATATGTATTGAAAAATGAAGAATTCCCACCAAGTTTTGGGCAAATGAAAATCCATGTGCAGTCACTTGTCTCCCAACTCACAAAACCGAAAGTAACCCTCTCAACAACCCGAATTCTTCACGCCTTGATAATCAAGAGCAGCCTCACCGTCGACCCTTTTTACGCCACCAAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019715
ATGAAAATCCATGTGCAGTCACTTGTCTCCCAACTCACAAAACCGAAAGTAACCCTCTCAACAACCCGAATTCTTCACGCCTTGATAATCAAGAGCAGCCTCACCGTCGACCCTTTTTACGCCACCAAGATTCTTCGCTTCTACGCCATCAACAACGACTTAGTCTCTGCACGCAACTTGTTCGACAGAAGTCCTGAACGAAGCGTCTACCTATGGAACTCCATCATCCGCGCCTACGCCCAGGCGCGCCACTTCCCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804288.1
MKIHVQSLVSQLTKPKVTLSTTRILHALIIKSSLTVDPFYATKILRFYAINNDLVSARNLFDRSPERSVYLWNSIIRAYAQARHFPDAFLLFKRMLTSQTQPDNFTFACLVRACSDKSDDEALRIVHGKLVASGLGFDFICSSALVNSYSKLGLVDEASCLFLGIDGEPDLVLCNAMVSCYGRCGDWMKAVAMFKSMLDMGIRPDGYTVVGLITGLATHTGLMNVGEMVHAFCVKCGLDLSDHVGSMLVCMYSRCECIEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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