当前解析结果
SmilChr04G001904| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001904 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001904 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G001904 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 31107244 - 31108263 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023280 |
|---|---|
| GeneID | 131023280 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023280 |
| 原始查询 | SmilChr04G001904 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os03g0587600; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os03g0587600; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os03g0587600- identity=45.8; qcov=0.142; evalue=2.46e-06; confidence=weak |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023280 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057808810.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057808810.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808810.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808810.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057808810.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:31107282 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B37 |
Chr4:31107394 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 14 | A19,B107,B131,B34,B39,B86,C18,C27,C39,C46,C53,C73,C8,D10 |
Chr4:31107406 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B110,B65,C13,C37 |
Chr4:31107433 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B11,C21,C67 |
Chr4:31107441 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B42,C16,C41,C6 |
Chr4:31107446 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B17 |
Chr4:31107447 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B17,B65 |
Chr4:31107447 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B17,B65 |
Chr4:31107487 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B119,C11,C59 |
Chr4:31107492 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C67 |
Chr4:31107499 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B136 |
Chr4:31107499 |
C |
CT |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B136 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。