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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001905

染色体: Chr04 坐标: 31129216-31132837 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001905
名称SmilChr04G001905
描述CRAL-TRIO domain-containing protein C3H8.02
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向31129216 - 31132837 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019894
GeneID131019894
locus_tag-
NCBI NameLOC131019894
原始查询SmilChr04G001905

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述CRAL-TRIO domain-containing protein C3H8.02
产物CRAL-TRIO domain-containing protein C3H8.02
ArabidopsisAT5G63060 (AT5G63060)
Sec14p-like phosphatidylinositol transfer family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836426]
identity=48.3; qcov=1.1; evalue=2.22e-75; confidence=high
RiceOs02g0321500
-
identity=53.5; qcov=1.03; evalue=9.81e-77; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00650 (CRAL_TRIO); PF13716 (CRAL_TRIO_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019894

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057804478.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057804480.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057804478.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057804480.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804478.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:31131409 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,C42
Chr4:31131438 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr4:31131849 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr4:31132075 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804478.1
262 aa
N
1
131
262
CRAL_TRIO
CRAL_TRIO_2
C
PF00650 CRAL_TRIO 118-261 aa PF13716 CRAL_TRIO_2 132-257 aa
XP_057804479.1
262 aa
N
1
131
262
CRAL_TRIO
CRAL_TRIO_2
C
PF00650 CRAL_TRIO 118-261 aa PF13716 CRAL_TRIO_2 132-257 aa
XP_057804480.1
219 aa
N
1
110
219
CRAL_TRIO
CRAL_TRIO_2
C
PF00650 CRAL_TRIO 75-218 aa PF13716 CRAL_TRIO_2 89-214 aa
XP_057804481.1
218 aa
N
1
109
218
CRAL_TRIO
CRAL_TRIO_2
C
PF00650 CRAL_TRIO 74-217 aa PF13716 CRAL_TRIO_2 88-213 aa
XP_057804482.1
218 aa
N
1
109
218
CRAL_TRIO
CRAL_TRIO_2
C
PF00650 CRAL_TRIO 74-217 aa PF13716 CRAL_TRIO_2 88-213 aa
XP_057804483.1
211 aa
N
1
106
211
CRAL_TRIO
C
PF00650 CRAL_TRIO 148-210 aa
XP_057804484.1
211 aa
N
1
106
211
CRAL_TRIO
C
PF00650 CRAL_TRIO 148-210 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804478.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 118 261 1.2e-27 97.3 CRAL/TRIO domain
XP_057804478.1 Pfam PF13716 CRAL_TRIO_2 Domain 132 257 1.5e-08 35.7 Divergent CRAL/TRIO domain
XP_057804479.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 118 261 1.2e-27 97.3 CRAL/TRIO domain
XP_057804479.1 Pfam PF13716 CRAL_TRIO_2 Domain 132 257 1.5e-08 35.7 Divergent CRAL/TRIO domain
XP_057804480.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 75 218 7e-28 98.1 CRAL/TRIO domain
XP_057804480.1 Pfam PF13716 CRAL_TRIO_2 Domain 89 214 1.1e-08 36.3 Divergent CRAL/TRIO domain
XP_057804481.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 74 217 6.9e-28 98.1 CRAL/TRIO domain
XP_057804481.1 Pfam PF13716 CRAL_TRIO_2 Domain 88 213 1.1e-08 36.2 Divergent CRAL/TRIO domain
XP_057804482.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 74 217 6.9e-28 98.1 CRAL/TRIO domain
XP_057804482.1 Pfam PF13716 CRAL_TRIO_2 Domain 88 213 1.1e-08 36.2 Divergent CRAL/TRIO domain
XP_057804483.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 148 210 9.6e-14 52.2 CRAL/TRIO domain
XP_057804484.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 148 210 9.6e-14 52.2 CRAL/TRIO domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948495.1
CACGCACATTGGCACAACACACAGTGACAGACGCTGCCCCAAGCTGCTCAGCCGCTTGGTACACCCCCAGCTCCGAACGCCGGTCGCCGCCCTCCAGCCGTCACCGCCACAGCAGCAGCTCCTCAAGACTCAAGCCGTCCCCAGCAGCCTCCTCCATCTGTCGCCAGTCACCCACAGGGAAGAAAGCGGATTATTGTTGTGATTAATTGTTTTAATTTTTTTAGGATTTAAGTTGAAAAAATGGAATAATTTATTTATTT...
XM_057948501.1
CACGCACATTGGCACAACACACAGTGACAGACGCTGCCCCAAGCTGCTCAGCCGCTTGGTACACCCCCAGCTCCGAACGCCGGTCGCCGCCCTCCAGCCGTCACCGCCACAGCAGCAGCTCCTCAAGACTCAAGCCGTCCCCAGCAGCCTCCTCCATCTGTCGCCAGTCACCCACAGGGAAGAAAGCGGATTATTGTTGTGATTAATTGTTTTAATTTTTTTAGGATTTAAGTTGAAAAAATGGAATAATTTATTTATTT...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC131019894
ATGTCGCACAGTTTGAGATTGCGGCCTTCTTTGGCTCACAATTTCACGCCCGTTTCTACTCGTCACCACAAACCCTCCACGAAGGCTTTCAAGCTCAGCATCCGCAGTTGCTCCGCGGCCCCTGAAAATGCTAGTAAACTTGTGGCAGAAGTCAAAACAAAGCTTGAGAATCAACACAGCAATCTGCCAGTGGGCAAATATGGAAGAGATGATGAAGAAATGATTCTTTGGTTCCTGAAAGATCGAAAGTTTTCTGTTGA...
LOC131019894
ATGTCGCACAGTTTGAGATTGCGGCCTTCTTTGGCTCACAATTTCACGCCCGTTTCTACTCGTCACCACAAACCCTCCACGAAGGCTTTCAAGCTCAGCATCCGCAGTTGCTCCGCGGCCCCTGAAAATGCTAGTAAACTTGTGGCAGAAGTCAAAACAAAGCTTGAGAATCAACACAGCAATCTGCCAGTGGGCAAATATGGAAGAGATGATGAAGAAATGATTCTTTGGTTCCTGAAAGATCGAAAGTTTTCTGTTGA...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057804478.1
MSHSLRLRPSLAHNFTPVSTRHHKPSTKAFKLSIRSCSAAPENASKLVAEVKTKLENQHSNLPVGKYGRDDEEMILWFLKDRKFSVEETVSKLTKAISWRKDFRVSELSEESVKRVAETGKAYLHNYLDVHGRPVLIVEGSKHFPGEFKPQEDESLCVFLIEKALSILPEGKQEMLVVINLRGFQTQNADVKFFTFVLDAFYCYYPRRLGQVLFVDAPFIFKPFWQLVKPLLKSYASLVRFCSAKEVKEEYFAADTIPAS...
XP_057804479.1
MSHSLRLRPSLAHNFTPVSTRHHKPSTKAFKLSIRSCSAAPENASKLVAEVKTKLENQHSNLPVGKYGRDDEEMILWFLKDRKFSVEETVSKLTKAISWRKDFRVSELSEESVKRVAETGKAYLHNYLDVHGRPVLIVEGSKHFPGEFKPQEDESLCVFLIEKALSILPEGKQEMLVVINLRGFQTQNADVKFFTFVLDAFYCYYPRRLGQVLFVDAPFIFKPFWQLVKPLLKSYASLVRFCSAKEVKEEYFAADTIPAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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