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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001907

染色体: Chr04 坐标: 31149276-31152034 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001907
名称SmilChr04G001907
描述uncharacterized SmilChr04G001907
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向31149276 - 31152034 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019897
GeneID131019897
locus_tag-
NCBI NameLOC131019897
原始查询SmilChr04G001907

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824568]; symbol=PAS1; hit=AT3G54010; species=arabidopsis; confidence=low
产物FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824568]; symbol=PAS1; hit=AT3G54010; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G54010 (PAS1)
FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824568]
identity=75; qcov=0.346; evalue=2.85e-07; confidence=low
RiceOs03g0367000 (OsFKBP72)
-
identity=60.6; qcov=0.407; evalue=1.69e-06; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019897

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057804486.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057804492.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057804486.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057804486.1
5 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057804492.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:31150321 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr4:31150812 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C52,C67,D8
Chr4:31150844 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C24,C29,C52
Chr4:31151855 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr4:31151867 G GAA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B44
Chr4:31151867 G GAA 2bp_insertion CDS_variant 1 B44
Chr4:31151889 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B121,B45,B51,B63,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

22 records

下载 cDNA FASTA
XR_009100538.1
AATGAAATAATTTTAAATTATCATTTCAAATTATTTTAAGTAAACATTATTAGTATAATTTTTCATTTAAAAAAACTGCAAATCTGAAAAAAAGAAAAAAAAAACCATAAATTGAAATCACTAAGGCCCTAACCCCCAAATTGCTACCCCCTCTCTTCTTCCCTAACTGCAGTCAAGCCTGCCTCCATCTCGCAGCCTGCCCCCATCTCGCCACCGCGACCCGCACCGCCTGTGACGCTGCGCCACCCCATCTCGCCGCC...
XR_009100532.1
AAAAAAAGAAAAAAAAAACCATAAATTGAAATCACTAAGGCCCTAACCCCCAAATTGCTACCCCCTCTCTTCTTCCCTAACTGCAGTCAAGCCTGCCTCCATCTCGCAGCCTGCCCCCATCTCGCCACCGCGACCCGCACCGCCTGTGACGCTGCGCCACCCCATCTCGCCGCCCCTGTCTACATCACTAACCCTAGGCTCCGCGCTTCCCCTTCTCGCAGCCCCTGTCCTCGTCGCTAACCCTAGGCGCCGCGGTTTCC...

CDS

13 records

下载 CDS FASTA
LOC131019897
ATGGGGTTGTTGTTGAGTCGACTCGAGCTGATTTTGGAGGTATTGGGCAAAAGCAAGATCATAGTGGGATTGCTAGAAGGCATTCCTACAATGTTGAAAGGTGAAGTTGCAATGGCAGACCATAGTTCAGATTCAGATCAATTCCATCATGTGTGCAGTTCGAGTTTCTCAAAAGGGCTTATTTTTCAAGTTCAGAGCTTATTTTTGCAAAGTAGAATTCCAACTTATGCAAGAAGAGGTGTTCAAGAATTGAAAAGAAG...
LOC131019897
ATGGGGTTGTTGTTGAGTCGACTCGAGCTGATTTTGGAGGTATTGGGCAAAAGCAAGATCATAGTGGGATTGCTAGAAGGCATTCCTACAATGTTGAAAGGTGAAGTTGCAATGGCAGACCATAGTTCAGATTCAGATCAATTCCATCATGTGTGCAGTTCGAGTTTCTCAAAAGGGCTTATTTTTCAAGTTCAGAGCTTATTTTTGCAAAGTAGAATTCCAACTTATGCAAGAAGAGGTGTTCAAGAATTGAAAAGAAG...

Protein

13 records

下载 Protein FASTA
XP_057804486.1
MGLLLSRLELILEVLGKSKIIVGLLEGIPTMLKGEVAMADHSSDSDQFHHVCSSSFSKGLIFQVQSLFLQSRIPTYARRGVQELKRRGVQELKRQVNCRKDSLESRKHTKSMFIILF
XP_057804487.1
MGLLLSRLELILEVLGKSKIIVGLLEGIPTMLKGEVAMADHSSDSDQFHHVCSSSFSKGLIFQVQSLFLQSRIPTYARRGVQELKRRGVQELKRQVNCRKDSLESRKHTKSMFIILF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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