Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001908`

染色体: Chr04 坐标: 31154418-31156576 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001908`
名称	SmilChr04G001908
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	31154418 - 31156576 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023281`
GeneID	`131023281`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023281`
原始查询	`SmilChr04G001908`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
产物	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
Arabidopsis	`AT4G38180` (FRS5) FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974] identity=27.1; qcov=0.816; evalue=1.3e-63; confidence=low
Rice	`Os11g0681300` - identity=28; qcov=0.823; evalue=1.99e-64; confidence=low
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF03101 (FAR1); PF10551 (MULE); PF21056 (ZSWIM1-3_RNaseH-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023281

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808811.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808811.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808811.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808811.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057808811.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:31154435`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,B13
`Chr4:31154439`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B47,B48,B59
`Chr4:31154473`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,A16,B18,C9,D7
`Chr4:31154475`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B75
`Chr4:31154475`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B75
`Chr4:31154484`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,D7
`Chr4:31154491`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,B134
`Chr4:31154504`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr4:31154575`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr4:31154580`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	109	A10,A13,A15,A18,A20,A21,A22,A24,A25,A3,A4,A6,A9,B100,B104,B109,B11,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B120,B126,B131,B133,B134,B136,B137,B15,B2,B20,B23,B25,B27,B28,B31,B32,B33,B35,B38,B40,B41,B42,B43,B44,B47,B48,B49,B5,B52,B53,B55,B56,B57,B6,B65,B68,B70,B71,B72,B75,B76,B78,B8,B80,B85,B90,B92,B93,B95,B96,B98,C11,C14,C15,C16,C18,C19,C2,C20,C23,C3,C34,C36,C38,C39,C44,C48,C50,C53,C54,C61,C63,C65,C67,C69,C71,C72,C74,C78,C79,C83,C87,D11,D3,D6,D9
`Chr4:31154588`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B94,C54
`Chr4:31154592`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B138,B22,B55,C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808811.1

689 aa

344

689

FAR1

ZSWIM1-3_RNaseH-like

MULE

PF03101 FAR1 11-106 aa PF21056 ZSWIM1-3_RNaseH-like 187-301 aa PF10551 MULE 227-317 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808811.1`	Pfam	`PF03101`	FAR1	Domain	11	106	2.3e-14	54.6	FAR1 DNA-binding domain
`XP_057808811.1`	Pfam	`PF21056`	ZSWIM1-3_RNaseH-like	Domain	187	301	1.1e-08	35.8	Zinc finger SWIM domain-containing protein 1/3, RNaseH-like domain
`XP_057808811.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	227	317	1e-25	90.6	MULE transposase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952828.1
ATGATATTTCAATCATTGCCCGAAGCTATAAAGTTTTACAAGGACTATGCAGAAGCATGTGGTTTTGAGGCTCGCATGAGCACTAACAGAAAAGCAAACGATGAAACAATAACCAGACAGTATGTTGTGTGTAACAGAGAAGGAGTTTGGGCAAAGGCGAAACAACATGGCGTCCGCATCAATGATTCAACCTCTAAGAAACGGAAGACAACATCTTGCAAGGTTGAATGTAAAGCTAAAGTAATATTTAAACTTGCGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023281
ATGATATTTCAATCATTGCCCGAAGCTATAAAGTTTTACAAGGACTATGCAGAAGCATGTGGTTTTGAGGCTCGCATGAGCACTAACAGAAAAGCAAACGATGAAACAATAACCAGACAGTATGTTGTGTGTAACAGAGAAGGAGTTTGGGCAAAGGCGAAACAACATGGCGTCCGCATCAATGATTCAACCTCTAAGAAACGGAAGACAACATCTTGCAAGGTTGAATGTAAAGCTAAAGTAATATTTAAACTTGCGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808811.1
MIFQSLPEAIKFYKDYAEACGFEARMSTNRKANDETITRQYVVCNREGVWAKAKQHGVRINDSTSKKRKTTSCKVECKAKVIFKLAMGTWYQITQFFEGHTHSMVPLPARDLMPSNRNMEEFKQRFILFGIKANIGPMRSFRMFAEIMGSYEGIGSTPNNFKNFARDLKVHSKGSDAHMLLETFTNKQELGNEFKFFHDVEDDNKLCRIIWADETSIKNFRLFGEAVSFDGTYNTNRYKLIFTPFTGKDNHGRCVSFGAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器