当前解析结果
SmilChr04G001910| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001910 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001910 |
| 描述 | protein TMA23-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 31189791 - 31203407 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131019914 |
|---|---|
| GeneID | 131019914 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131019914 |
| 原始查询 | SmilChr04G001910 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein TMA23-like |
| 产物 | protein TMA23-like |
| Arabidopsis | AT4G33690 (AT4G33690)G patch domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829511] identity=47; qcov=0.869; evalue=5.88e-44; confidence=medium |
| Rice | Os07g0213400 (OJ1116_C08.104)- identity=54.5; qcov=0.845; evalue=2.09e-58; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131019914 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057804521.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057804521.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057804521.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057804521.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057804521.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:31190187 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B3,C53,C72 |
Chr4:31190426 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B98,C80 |
Chr4:31190563 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B125,B90,B92,C87 |
Chr4:31191573 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B98,C80 |
Chr4:31191577 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B7 |
Chr4:31191603 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 8 | B115,B131,B14,B15,B36,B78,C33,C71 |
Chr4:31191703 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B98,C80 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。