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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001917`

染色体: Chr04 坐标: 31264103-31268908 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001917`
名称	SmilChr04G001917
描述	uncharacterized SmilChr04G001917
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	31264103 - 31268908 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023282`
GeneID	`131023282`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023282`
原始查询	`SmilChr04G001917`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0125300` - identity=26.1; qcov=0.403; evalue=1.01e-35; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG	-
Pfam	PF13976 (gag_pre-integrs); PF25597 (SH3_retrovirus)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023282

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057808812.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057808812.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808812.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808812.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808812.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:31264563`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B140,C33
`Chr4:31264563`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B140,C33
`Chr4:31264566`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,C11,C69
`Chr4:31264590`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,B53,C82
`Chr4:31264605`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B128
`Chr4:31264615`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,B69
`Chr4:31264619`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr4:31264625`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B98,C80
`Chr4:31264636`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B95
`Chr4:31264648`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B130,B59
`Chr4:31264734`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B128,B33,B98,C17,C80
`Chr4:31264737`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B19,B5,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808812.1

884 aa

442

884

gag_pre-integrs

SH3_retrovirus

PF13976 gag_pre-integrs 582-623 aa PF25597 SH3_retrovirus 765-820 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808812.1`	Pfam	`PF13976`	gag_pre-integrs	Domain	582	623	7.6e-10	39.2	GAG-pre-integrase domain
`XP_057808812.1`	Pfam	`PF25597`	SH3_retrovirus	Domain	765	820	7.7e-14	51.9	Retroviral polymerase SH3-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952829.1
ATGAGACCATCTCTGCGTATTAATGAAAAGCTGTGTGAAATCTCAAATGAAGCAGTAGGTCTTTGGGAACCAATTAGCAATGAAAGACTTTGTAAACAACGGAGCTTCGACTTGAGTATATCAGTCAACATTCTTCATCGGACTAAAACGCTGACGCTCGCATTAAATGCTCATGCTCCTGCAACAGCATTAAGTGCACCAGATATGAAGATTGTCCTTTTCAGTACACCAACTTTCCTTTTTCGTGCTAAAAGTCAGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023282
ATGAGACCATCTCTGCGTATTAATGAAAAGCTGTGTGAAATCTCAAATGAAGCAGTAGGTCTTTGGGAACCAATTAGCAATGAAAGACTTTGTAAACAACGGAGCTTCGACTTGAGTATATCAGTCAACATTCTTCATCGGACTAAAACGCTGACGCTCGCATTAAATGCTCATGCTCCTGCAACAGCATTAAGTGCACCAGATATGAAGATTGTCCTTTTCAGTACACCAACTTTCCTTTTTCGTGCTAAAAGTCAGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808812.1
MRPSLRINEKLCEISNEAVGLWEPISNERLCKQRSFDLSISVNILHRTKTLTLALNAHAPATALSAPDMKIVLFSTPTFLFRAKSQTHPAPRTKRIQTFNQSGAKKIEASAQSTDYLTTAEILKTISPTDIFGTSPINKARGTPSIFTDSKTNAEALLNFQASFNIEQNFESKKRVYSSSPINLFSDPPGPNSKMFRSFPERYNMKISSIEETADVATMRIGDLISKLVTFEMNLEQQKVGHVTKSVAFRAENPFAISDV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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