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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001925

染色体: Chr04 坐标: 31360223-31361483 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001925
名称SmilChr04G001925
描述mevalonate kinase-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向31360223 - 31361483 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019907
GeneID131019907
locus_tag-
NCBI NameLOC131019907
原始查询SmilChr04G001925

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mevalonate kinase-like
产物mevalonate kinase-like
ArabidopsisAT5G27450 (MK)
mevalonate kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832804]
identity=68.3; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0329300
-
identity=59.4; qcov=1.02; evalue=1.1e-160; confidence=high
GOGO:0004496 (mevalonate kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0008299 (isoprenoid biosynthetic process)
KEGGsmil00900 (Terpenoid backbone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04146 (Peroxisome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00288 (GHMP_kinases_N); PF08544 (GHMP_kinases_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019907

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057804513.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057804513.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057804513.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804513.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804513.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804513.1
387 aa
N
1
194
387
GHMP_kinases_N
GHMP_kinases_C
C
PF00288 GHMP_kinases_N 125-211 aa PF08544 GHMP_kinases_C 294-357 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804513.1 Pfam PF00288 GHMP_kinases_N Domain 125 211 1.3e-10 42.1 GHMP kinases N terminal domain
XP_057804513.1 Pfam PF08544 GHMP_kinases_C Domain 294 357 3.6e-08 34.4 GHMP kinases C terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948530.1
GAATAGTATGGAGGTCAGAGCCAGAGCGCCTGGGAAAATCATACTCGCCGGCGAGCACGCCGTCGTTCACGGATCCACCGCCGTCGCCGCCGCCATCGATCTCTACACTTATGTATCTCTCCGCTTCCCCACTCCCGAGGATAACGACGATGCACTAAAACTCCAGCTCAAGGATGTGGACTTGGAATTTTCTTGGCCAGTTGGAAAGCTTAAGGAAGTTCTGCCTGAACTGGGCGGCAAGTCTGCTTCCTCACCTTCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019907
ATGGAGGTCAGAGCCAGAGCGCCTGGGAAAATCATACTCGCCGGCGAGCACGCCGTCGTTCACGGATCCACCGCCGTCGCCGCCGCCATCGATCTCTACACTTATGTATCTCTCCGCTTCCCCACTCCCGAGGATAACGACGATGCACTAAAACTCCAGCTCAAGGATGTGGACTTGGAATTTTCTTGGCCAGTTGGAAAGCTTAAGGAAGTTCTGCCTGAACTGGGCGGCAAGTCTGCTTCCTCACCTTCATCATGTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804513.1
MEVRARAPGKIILAGEHAVVHGSTAVAAAIDLYTYVSLRFPTPEDNDDALKLQLKDVDLEFSWPVGKLKEVLPELGGKSASSPSSCSLETAKAIDALVEELNLADAKIGLASGISAFLWLYTSIHGNKPAKVVVNSELPLGSGLGSSAALCVALSAALLALSDSLKLDFSHQGWQTFGDSELDLVNKWAFEGEKMIHGRPSGIDNTVSTFGNMIKFRSGELTRIKTNMPLKMLVTNTKVGRNTRALVAGVSERAARHGGA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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