当前解析结果
SmilChr04G001925| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001925 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001925 |
| 描述 | mevalonate kinase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 31360223 - 31361483 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131019907 |
|---|---|
| GeneID | 131019907 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131019907 |
| 原始查询 | SmilChr04G001925 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | mevalonate kinase-like |
| 产物 | mevalonate kinase-like |
| Arabidopsis | AT5G27450 (MK)mevalonate kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832804] identity=68.3; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os10g0329300- identity=59.4; qcov=1.02; evalue=1.1e-160; confidence=high |
| GO | GO:0004496 (mevalonate kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0008299 (isoprenoid biosynthetic process) |
| KEGG | smil00900 (Terpenoid backbone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04146 (Peroxisome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00288 (GHMP_kinases_N); PF08544 (GHMP_kinases_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131019907 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057804513.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057804513.1 |
| 3 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057804513.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057804513.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057804513.1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057804513.1PF00288
GHMP_kinases_N 125-211 aa
PF08544
GHMP_kinases_C 294-357 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057804513.1 |
Pfam | PF00288 |
GHMP_kinases_N | Domain | 125 | 211 | 1.3e-10 | 42.1 | GHMP kinases N terminal domain |
XP_057804513.1 |
Pfam | PF08544 |
GHMP_kinases_C | Domain | 294 | 357 | 3.6e-08 | 34.4 | GHMP kinases C terminal |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。