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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001938

染色体: Chr04 坐标: 31498037-31500220 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001938
名称SmilChr04G001938
描述uncharacterized SmilChr04G001938
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向31498037 - 31500220 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023289
GeneID131023289
locus_tag-
NCBI NameLOC131023289
原始查询SmilChr04G001938

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834808]; symbol=ASG7; hit=AT5G47580; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834808]; symbol=ASG7; hit=AT5G47580; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G47580 (ASG7)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834808]
identity=40.3; qcov=0.997; evalue=2.26e-172; confidence=medium
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023289

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057808819.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057808819.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808819.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808819.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808819.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:31498046 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B98,C80
Chr4:31498058 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B25,C41,C84,D11
Chr4:31498068 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 29 A1,A22,A7,B100,B110,B131,B139,B17,B20,B23,B41,B47,B51,B58,B62,B7,B8,B80,B89,B97,C17,C3,C30,C34,C42,C5,C73,C76,D3
Chr4:31498121 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B126
Chr4:31498183 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 61 A10,A21,A3,A5,A6,B1,B107,B108,B11,B112,B118,B12,B120,B122,B127,B129,B131,B134,B139,B19,B22,B24,B33,B4,B40,B42,B43,B48,B50,B52,B53,B55,B62,B65,B68,B71,B74,B78,B81,B98,C1,C10,C15,C19,C24,C27,C41,C45,C48,C50,C54,C57,C58,C62,C65,C72,C74,C9,D4,D8,D9
Chr4:31498232 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,B46,C24
Chr4:31498313 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr4:31498367 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B13,B35
Chr4:31498377 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 2 B110,C84
Chr4:31498377 A AG 1bp_insertion CDS_variant 2 B110,C84
Chr4:31498450 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr4:31498469 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B37,B9,C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952836.1
ATGCCGGGGGAAGTATCAGATATCGAGAGGAAGCTGGAGGCGCCGATGCCATGGATAGGCATGTACGTTGCCGTAGCCTCCCTCATCTGTGCTCTTGCTATGGCAGCTGACACCATCCATGGATTCAGAGGCAAGAAGCATTGGTTCCCGAGTAAGATCTTCTCCCTCAATGCAACTTCCTTAACGTTGTTAGCCGTGGCTATGAAGCTGCCTGTGGATCTCACAACTCGGATGTACGCTGCCACGGATCGCCTTGCCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023289
ATGCCGGGGGAAGTATCAGATATCGAGAGGAAGCTGGAGGCGCCGATGCCATGGATAGGCATGTACGTTGCCGTAGCCTCCCTCATCTGTGCTCTTGCTATGGCAGCTGACACCATCCATGGATTCAGAGGCAAGAAGCATTGGTTCCCGAGTAAGATCTTCTCCCTCAATGCAACTTCCTTAACGTTGTTAGCCGTGGCTATGAAGCTGCCTGTGGATCTCACAACTCGGATGTACGCTGCCACGGATCGCCTTGCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808819.1
MPGEVSDIERKLEAPMPWIGMYVAVASLICALAMAADTIHGFRGKKHWFPSKIFSLNATSLTLLAVAMKLPVDLTTRMYAATDRLAKICSLAFMSTAMANFMTSLGSMDDRDILMNVTALAILVVTVVVNFCVQVIQMRQFLAGRKMFAEEITAAAFMLLSLLMVISSAVMAPATKHYLESKYHEMMKMASDEQILDSMEEGDFLFDKLRNMIKKYWVMAETSSPQFVIARSVTCTASGIVSMLTALLLAQAEIRLVMEY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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