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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001942

染色体: Chr04 坐标: 31531382-31534741 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001942
名称SmilChr04G001942
描述uncharacterized SmilChr04G001942
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向31531382 - 31534741 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019902
GeneID131019902
locus_tag-
NCBI NameLOC131019902
原始查询SmilChr04G001942

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834808]; symbol=ASG7; hit=AT5G47580; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834808]; symbol=ASG7; hit=AT5G47580; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G47580 (ASG7)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834808]
identity=41.4; qcov=0.971; evalue=5.28e-173; confidence=medium
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019902

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057804505.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057804505.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057804505.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804505.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804505.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:31532515 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C81
Chr4:31532613 TTG T 2bp_deletion frameshift_variant 7 B34,B51,C4,C46,C7,C76,D1
Chr4:31532633 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C73
Chr4:31532633 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 C73
Chr4:31532640 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr4:31532659 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr4:31532751 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C53
Chr4:31532751 TGA T 2bp_deletion CDS_variant 1 C53
Chr4:31532766 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 C73
Chr4:31532766 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 C73
Chr4:31532846 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B30,C56
Chr4:31532908 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948524.1
TTTTCCATGACATAAAAAAATAAAATAAAAATAGTCATAAGTGGAATACCAATGTCCATAAAGCTCAGTAAAATTGATCTCTCTTAGAAAAGCTTCGGCAAGTCCATGGATTCAACTGCCATCGAGCTACTCGAAGAGTGCCGTGAAAAACTATATTTATGTAGCAACGATTATGACGCCATGATAGAACACAATCTTGAGGCGCCGGTGCCGTGGATCGGTATGTACATTGCAGCCGCTTCTGCAATATGCTCGTTTGC...
XM_057948522.1
TTTTCCATGACATAAAAAAATAAAATAAAAATAGTCATAAGTGGAATACCAATGTCCATAAAGCTCAGTAAAATTGATCTCTCTTAGAAAAGCTTCGGCAAGTCCATGGATTCAACTGCCATCGAGCTACTCGAAGAGTGCCGTGAAAAACTATATTTATGTAGCAACGATTATGACGCCATGATAGAACACAATCTTGAGGCGCCGGTGCCGTGGATCGGTATGTACATTGCAGCCGCTTCTGCAATATGCTCGTTTGC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131019902
ATGGATTCAACTGCCATCGAGCTACTCGAAGAGTGCCGTGAAAAACTATATTTATGTAGCAACGATTATGACGCCATGATAGAACACAATCTTGAGGCGCCGGTGCCGTGGATCGGTATGTACATTGCAGCCGCTTCTGCAATATGCTCGTTTGCTATGGCCGCTGATGGTTTCAGAGGCTTCAGAGGCAAGAAAATATGGTTACCGTGTAAGTATTTCTCTCTCAATGCTACTTCATTGACACTTTTAACTGTGGCGAT...
LOC131019902
ATGGATTCAACTGCCATCGAGCTACTCGAAGAGTGCCGTGAAAAACTATATTTATGTAGCAACGATTATGACGCCATGATAGAACACAATCTTGAGGCGCCGGTGCCGTGGATCGGTATGTACATTGCAGCCGCTTCTGCAATATGCTCGTTTGCTATGGCCGCTGATGGTTTCAGAGGCTTCAGAGGCAAGAAAATATGGTTACCGTGTAAGTATTTCTCTCTCAATGCTACTTCATTGACACTTTTAACTGTGGCGAT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057804505.1
MDSTAIELLEECREKLYLCSNDYDAMIEHNLEAPVPWIGMYIAAASAICSFAMAADGFRGFRGKKIWLPCKYFSLNATSLTLLTVAMKLTVDLTSSMMGTNDKIASVGSLVLMSAAIGNLMTSVASMDSNDILLNLTALGILVVTIAANVCIHEVETIDVLDGSVVLAEEIAAAIFMLGLVVLFCFSSMVVPTTKRYIESKYREMHRIVSNERRDVARFSVDELRVALGRYWVMAETGSPQFVMARSVISGTCGFMCLLM...
XP_057804506.1
MDSTAIELLEECREKLYLCSNDYDAMIEHNLEAPVPWIGMYIAAASAICSFAMAADGFRGFRGKKIWLPCKYFSLNATSLTLLTVAMKLTVDLTSSMMGTNDKIASVGSLVLMSAAIGNLMTSVASMDSNDILLNLTALGILVVTIAANVCIHEVETIDVLDGSVVLAEEIAAAIFMLGLVVLFCFSSMVVPTTKRYIESKYREMHRIVSNERRDVARFSVDELRVALGRYWVMAETGSPQFVMARSVISGTCGFMCLLM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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