Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001946`

染色体: Chr04 坐标: 31583579-31585735 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001946`
名称	SmilChr04G001946
描述	uncharacterized SmilChr04G001946
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	31583579 - 31585735 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023295`
GeneID	`131023295`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023295`
原始查询	`SmilChr04G001946`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834808]; symbol=ASG7; hit=AT5G47580; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834808]; symbol=ASG7; hit=AT5G47580; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G47580` (ASG7) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834808] identity=39.1; qcov=1.01; evalue=2.3e-153; confidence=medium
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023295

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus membrane	核膜	0.40000	`XP_057808825.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057808825.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.40000	`XP_057808825.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808825.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808825.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:31583630`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B133
`Chr4:31583630`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B133
`Chr4:31583860`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr4:31584355`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr4:31584951`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A24,B20
`Chr4:31585074`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B23,C68
`Chr4:31585079`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B85,C49
`Chr4:31585157`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B90
`Chr4:31585259`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr4:31585414`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B123,B14,B91
`Chr4:31585455`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,A8
`Chr4:31585456`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,B90,B92,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952842.1
ATGCCTGAAAACGATCCAAACGTGGTGGAACAGCTGGAGGCGCCGATGCCGTGGATAGGCATGTATGCCGCCGTAGCATCGACGCTCTGCACGCTCGCCATGGCCGCCGACGTCTTCCACGGATTCCGGAGCAGAAAATACTGGTTCCCATCTAAATACTTGTCCCTCAACGCCACTTCCTTGGCTTTGCTATCCGTGGCAATGAAGCTCCCCGTGGATCTCACCACTAAAATGTACTCTGTCACCGACCGCCTTGCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023295
ATGCCTGAAAACGATCCAAACGTGGTGGAACAGCTGGAGGCGCCGATGCCGTGGATAGGCATGTATGCCGCCGTAGCATCGACGCTCTGCACGCTCGCCATGGCCGCCGACGTCTTCCACGGATTCCGGAGCAGAAAATACTGGTTCCCATCTAAATACTTGTCCCTCAACGCCACTTCCTTGGCTTTGCTATCCGTGGCAATGAAGCTCCCCGTGGATCTCACCACTAAAATGTACTCTGTCACCGACCGCCTTGCAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808825.1
MPENDPNVVEQLEAPMPWIGMYAAVASTLCTLAMAADVFHGFRSRKYWFPSKYLSLNATSLALLSVAMKLPVDLTTKMYSVTDRLAKVSSLSFISIVMANFLTSLGSMDDKSLLMNVVALGIMVITITGNVCIQVIQMRSYLDLRRAFWEESVAMGLMLLLLLMFISSALTILSTKQFLETRYHDMHNSILNEEELVDITKKLRVLIKKYWVMAETSSPQFVMARSVTSTVSGIVSLIVAFNLVEAEIRIAVKEGIFDHA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器