Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001947

染色体: Chr04 坐标: 31598935-31606680 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001947
名称SmilChr04G001947
描述uncharacterized SmilChr04G001947
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向31598935 - 31606680 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023296
GeneID131023296
locus_tag-
NCBI NameLOC131023296
原始查询SmilChr04G001947

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827439]; symbol=AT4G17250; hit=AT4G17250; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827439]; symbol=AT4G17250; hit=AT4G17250; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT4G17250 (AT4G17250)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827439]
identity=35; qcov=0.85; evalue=6.36e-47; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023296

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057808826.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057808826.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057808826.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808826.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808826.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:31605863 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C33
Chr4:31605951 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr4:31606031 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,B35
Chr4:31606033 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B92,C87
Chr4:31606034 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,B65
Chr4:31606035 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr4:31606036 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B84
Chr4:31606045 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr4:31606046 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B30,B44,C56
Chr4:31606052 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 41 A3,A5,A9,B106,B108,B109,B12,B130,B133,B137,B16,B18,B24,B29,B32,B4,B47,B55,B60,B70,B74,B77,B88,B98,C2,C25,C28,C34,C5,C52,C60,C63,C64,C65,C66,C70,C72,C73,C82,C83,D8
Chr4:31606063 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B63,C53
Chr4:31606075 G GT 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 3 A7,B30,C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952843.1
ATGATTTTGAGTTCTTATGTGGATTTAAGTGCGAGACAAGTAGGCCGCGACTTCCTGCAAAACGTGAGGCCTCATTCTCTGCGCCTTGAGGGGGATGCGGATTTGCCTGACTACATGCTGCAGAGCATTCCAAAACAGGTCGATAAAGTTCTAGAAGCTTCTAGAAGGCAGAAGCCTTGTAGCTTGATTAATTTCTTGCGCGATTCAAGCTTCAAAGGCGTAGCTGAATTCGACAGCCTTGGAGTTGCAAGCATCCACGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023296
ATGATTTTGAGTTCTTATGTGGATTTAAGTGCGAGACAAGTAGGCCGCGACTTCCTGCAAAACGTGAGGCCTCATTCTCTGCGCCTTGAGGGGGATGCGGATTTGCCTGACTACATGCTGCAGAGCATTCCAAAACAGGTCGATAAAGTTCTAGAAGCTTCTAGAAGGCAGAAGCCTTGTAGCTTGATTAATTTCTTGCGCGATTCAAGCTTCAAAGGCGTAGCTGAATTCGACAGCCTTGGAGTTGCAAGCATCCACGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808826.1
MILSSYVDLSARQVGRDFLQNVRPHSLRLEGDADLPDYMLQSIPKQVDKVLEASRRQKPCSLINFLRDSSFKGVAEFDSLGVASIHGKEPKNCWSLAVVTLTRIAAALPHVEKSKVDQLVEDVRDGLFFVKFVVESFYANDEWKNIRKAADFWLRVELFRKWQEIDLVEISCSSPNSQHALQKLARESEKIASALKTDVPDCPMFNPENWKPEIIAANSMYRISSMILDGCDEENAVADEELFVRLSRMIGDILAACLSN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器