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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001965

染色体: Chr04 坐标: 31879097-31880597 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001965
名称SmilChr04G001965
描述uncharacterized SmilChr04G001965
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向31879097 - 31880597 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023304
GeneID131023304
locus_tag-
NCBI NameLOC131023304
原始查询SmilChr04G001965

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT4G29090 (AT4G29090)
Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030]
identity=35.6; qcov=0.316; evalue=2.57e-21; confidence=low
RiceOs06g0484800
-
identity=27.2; qcov=1.01; evalue=8.17e-39; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023304

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057808834.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057808834.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808834.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808834.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808834.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:31879112 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 27 A20,B117,B129,B133,B17,B20,B22,B32,B34,B37,B41,B43,B45,B47,B49,B51,B69,B76,C17,C25,C31,C41,C51,C57,C58,C75,D1
Chr4:31879141 A ATC 2bp_insertion frameshift_variant 13 B28,B4,B44,B55,B59,B76,B95,C2,C46,C52,C57,D10,D3
Chr4:31879142 G GGC 2bp_insertion frameshift_variant 13 B28,B4,B44,B55,B59,B76,B95,C2,C46,C52,C57,D10,D3
Chr4:31879144 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 12 B28,B4,B44,B55,B59,B76,B95,C2,C52,C57,D10,D3
Chr4:31879148 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 12 B28,B4,B44,B55,B59,B65,B76,B95,C2,C52,D10,D3
Chr4:31879151 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 12 B28,B4,B44,B52,B55,B59,B76,B95,C2,C52,D10,D3
Chr4:31879177 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B44,B59,B76,C2,D3
Chr4:31879178 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B48
Chr4:31879189 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B59,B76,C2,C49,D3
Chr4:31879432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C83,C86
Chr4:31879447 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 A3,B132,B49,B99,C7
Chr4:31879447 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B132,B49,B99,C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952851.1
ATGAATGCTAATCCCACCCAAGAATTTCATCTCGAGGAGTTCAAAGTAGTTATCGATCAAATGCATCCTGATAAGTCTCCGGGTCAGGACGACTACAATCCGAAGCTCAAGCGTGTCCTTCCTCATCTTATTGATCATGCCCAGTCAATGTTTGTTGAAGGTCGTCTCATTCAAGATAATATTCTTATAGCCTTTGAAGCCATCCACTCTATGAAGAGGAAAACAAGGGTCTTACGTCGTTTGGGTTTTTGTGACAAGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023304
ATGAATGCTAATCCCACCCAAGAATTTCATCTCGAGGAGTTCAAAGTAGTTATCGATCAAATGCATCCTGATAAGTCTCCGGGTCAGGACGACTACAATCCGAAGCTCAAGCGTGTCCTTCCTCATCTTATTGATCATGCCCAGTCAATGTTTGTTGAAGGTCGTCTCATTCAAGATAATATTCTTATAGCCTTTGAAGCCATCCACTCTATGAAGAGGAAAACAAGGGTCTTACGTCGTTTGGGTTTTTGTGACAAGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808834.1
MNANPTQEFHLEEFKVVIDQMHPDKSPGQDDYNPKLKRVLPHLIDHAQSMFVEGRLIQDNILIAFEAIHSMKRKTRVLRRLGFCDKWRGWMNLCVHTVTYEVLINGSHVGPIVPGRGLRQEDPLSPYLFILCAEGLSAMIRYETDRGNLHGIQMGRGGPAISHFMFADDCIFFCRASTVECRILKRVLGDYEAGRIAFSLNTGRYLGLSSLIGRKKFEIFQYLCDRMWERIQGWNGKKLSKAGKEILIKGVAQSIPSFCM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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