当前解析结果
SmilChr04G001965| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001965 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001965 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G001965 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 31879097 - 31880597 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131023304 |
|---|---|
| GeneID | 131023304 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023304 |
| 原始查询 | SmilChr04G001965 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT4G29090 (AT4G29090)Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030] identity=35.6; qcov=0.316; evalue=2.57e-21; confidence=low |
| Rice | Os06g0484800- identity=27.2; qcov=1.01; evalue=8.17e-39; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023304 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057808834.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057808834.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057808834.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808834.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808834.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:31879112 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 27 | A20,B117,B129,B133,B17,B20,B22,B32,B34,B37,B41,B43,B45,B47,B49,B51,B69,B76,C17,C25,C31,C41,C51,C57,C58,C75,D1 |
Chr4:31879141 |
A |
ATC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 13 | B28,B4,B44,B55,B59,B76,B95,C2,C46,C52,C57,D10,D3 |
Chr4:31879142 |
G |
GGC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 13 | B28,B4,B44,B55,B59,B76,B95,C2,C46,C52,C57,D10,D3 |
Chr4:31879144 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 12 | B28,B4,B44,B55,B59,B76,B95,C2,C52,C57,D10,D3 |
Chr4:31879148 |
ATC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 12 | B28,B4,B44,B55,B59,B65,B76,B95,C2,C52,D10,D3 |
Chr4:31879151 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 12 | B28,B4,B44,B52,B55,B59,B76,B95,C2,C52,D10,D3 |
Chr4:31879177 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B44,B59,B76,C2,D3 |
Chr4:31879178 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B48 |
Chr4:31879189 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B59,B76,C2,C49,D3 |
Chr4:31879432 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C83,C86 |
Chr4:31879447 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 5 | A3,B132,B49,B99,C7 |
Chr4:31879447 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A3,B132,B49,B99,C7 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。