当前解析结果
SmilChr04G001967| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001967 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001967 |
| 描述 | transcription factor MYB98-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 31892032 - 31893450 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131019940 |
|---|---|
| GeneID | 131019940 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131019940 |
| 原始查询 | SmilChr04G001967 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription factor MYB98-like |
| 产物 | transcription factor MYB98-like |
| Arabidopsis | AT4G18770 (MYB98)myb domain protein 98 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827611] identity=48.9; qcov=0.849; evalue=4.73e-73; confidence=high |
| Rice | Os06g0162700- identity=61.7; qcov=0.449; evalue=7.03e-56; confidence=low |
| GO | GO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0000981 (DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131019940 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057804547.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057804547.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057804547.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057804547.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057804547.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:31892079 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B38,B39,C22 |
Chr4:31892113 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:31892136 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 22 | A4,B102,B114,B118,B130,B36,B47,B59,B65,B7,B70,B73,C33,C52,C6,C60,C65,C70,C71,C80,D3,D9 |
Chr4:31892137 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 22 | A1,A23,B105,B108,B122,B123,B17,B22,B27,B33,B6,B62,B69,C14,C16,C2,C43,C45,C62,C63,C9,D5 |
Chr4:31892160 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 23 | A1,A23,B105,B108,B122,B123,B17,B22,B27,B33,B6,B62,B69,C14,C16,C2,C43,C45,C62,C63,C9,D3,D5 |
Chr4:31892755 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr4:31893002 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B130,B53,C78,D7,D9 |
Chr4:31893054 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A24,C42 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057804547.1PF00249
Myb_DNA-binding 168-214 aa
PF13921
Myb_DNA-bind_6 171-223 aa
PF00249
Myb_DNA-binding 220-262 aa
PF13921
Myb_DNA-bind_6 223-274 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057804547.1 |
Pfam | PF00249 |
Myb_DNA-binding | Domain | 168 | 214 | 4.5e-36 | 123.4 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057804547.1 |
Pfam | PF13921 |
Myb_DNA-bind_6 | Domain | 171 | 223 | 3.3e-27 | 95.2 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057804547.1 |
Pfam | PF00249 |
Myb_DNA-binding | Domain | 220 | 262 | 4.5e-36 | 123.4 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057804547.1 |
Pfam | PF13921 |
Myb_DNA-bind_6 | Domain | 223 | 274 | 3.3e-27 | 95.2 | Myb-like DNA-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。