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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001983

染色体: Chr04 坐标: 32098031-32108776 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001983
名称SmilChr04G001983
描述pantothenate kinase 2
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向32098031 - 32108776 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019951
GeneID131019951
locus_tag-
NCBI NameLOC131019951
原始查询SmilChr04G001983

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pantothenate kinase 2
产物pantothenate kinase 2
ArabidopsisAT4G32180 (PANK2)
pantothenate kinase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829351]
identity=85.1; qcov=0.943; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0533100
-
identity=83.4; qcov=0.817; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004594 (pantothenate kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0015937 (coenzyme A biosynthetic process)
KEGG-
PfamPF01937 (ARMT1-like_dom); PF03630 (Fumble)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019951

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057804556.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057804556.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057804556.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804556.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804556.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:32101463 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B47
Chr4:32101481 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B51,B88,C4,C46
Chr4:32102752 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr4:32102844 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,A25,B11,B8,B86
Chr4:32104071 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 8 B13,B131,B16,B21,B52,B9,B98,C14
Chr4:32104227 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B28,B56
Chr4:32104227 TG T 1bp_deletion CDS_variant 2 B28,B56
Chr4:32104231 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,B56
Chr4:32105281 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B59
Chr4:32106426 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,B41
Chr4:32106643 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B119,B23,C43
Chr4:32108460 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804556.1
927 aa
N
1
464
927
Fumble
ARMT1-like_dom
C
PF03630 Fumble 103-447 aa PF01937 ARMT1-like_dom 587-909 aa
XP_057804557.1
927 aa
N
1
464
927
Fumble
ARMT1-like_dom
C
PF03630 Fumble 103-447 aa PF01937 ARMT1-like_dom 587-909 aa
XP_057804558.1
927 aa
N
1
464
927
Fumble
ARMT1-like_dom
C
PF03630 Fumble 103-447 aa PF01937 ARMT1-like_dom 587-909 aa
XP_057804559.1
927 aa
N
1
464
927
Fumble
ARMT1-like_dom
C
PF03630 Fumble 103-447 aa PF01937 ARMT1-like_dom 587-909 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804556.1 Pfam PF03630 Fumble Family 103 447 3.5e-135 451.2 Fumble
XP_057804556.1 Pfam PF01937 ARMT1-like_dom Domain 587 909 1e-42 147.1 Damage-control phosphatase ARMT1-like domain
XP_057804557.1 Pfam PF03630 Fumble Family 103 447 3.5e-135 451.2 Fumble
XP_057804557.1 Pfam PF01937 ARMT1-like_dom Domain 587 909 1e-42 147.1 Damage-control phosphatase ARMT1-like domain
XP_057804558.1 Pfam PF03630 Fumble Family 103 447 3.5e-135 451.2 Fumble
XP_057804558.1 Pfam PF01937 ARMT1-like_dom Domain 587 909 1e-42 147.1 Damage-control phosphatase ARMT1-like domain
XP_057804559.1 Pfam PF03630 Fumble Family 103 447 3.5e-135 451.2 Fumble
XP_057804559.1 Pfam PF01937 ARMT1-like_dom Domain 587 909 1e-42 147.1 Damage-control phosphatase ARMT1-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948574.1
CTCGTCGTGCATCGCAGGAGTTAACGTACTTGTTTATCCAAAAAATTGGAAAAGTTTGAACGAGTCACTTTGATCCTCTTGTATCACCACCACTCGCAAACTTCAACTCGAGAAACAAGTAGTCTCTGTATTTCCACAACTTGGACAACCGACTTAATCAAAAAGGGGTTGGACTTTTTGACTTGAGTAAGAAGGTAACAGCTGAGGGTTAGGACGGAAGTCCGGTTGGCGTAATTACAATGGATAGTTTAAGAGAGAGA...
XM_057948573.1
GAGAAACAAGTAGTCTCTGTATTTCCACAACTTGGTAAGTGAATGCGCCAACCAAACCAAGAACAAATCCAACACAACTGCTGACAGCAACTTGCCCCAGCCCACTTTCTTGAATCCTTCCAATTTTTCACCATTGCAAATTTATCATTCTGACAACCGACTTAATCAAAAAGGGGTTGGACTTTTTGACTTGAGTAAGAAGGTAACAGCTGAGGGTTAGGACGGAAGTCCGGTTGGCGTAATTACAATGGATAGTTTAA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131019951
ATGGATAGTTTAAGAGAGAGAGAGGACCACCAAGAACTCAGCATTGGGATTGACGGCAATTTAAATATTGATAATCTTGCTGATGACATATCCAAACTCAATTTTGATACTGAAAAGGATAGAGGCAGTTCTGTTCTAGAGAAAGAGGAGCAGTTGGGAGACAAGGATATGGCTCCGATGGCTGGAAATTCGATTCACCGATCGTCGTCACGGCCGCAGCTGGACCTCAGTGGAGCCGCCATACAGGGGAATTTCGAGGA...
LOC131019951
ATGGATAGTTTAAGAGAGAGAGAGGACCACCAAGAACTCAGCATTGGGATTGACGGCAATTTAAATATTGATAATCTTGCTGATGACATATCCAAACTCAATTTTGATACTGAAAAGGATAGAGGCAGTTCTGTTCTAGAGAAAGAGGAGCAGTTGGGAGACAAGGATATGGCTCCGATGGCTGGAAATTCGATTCACCGATCGTCGTCACGGCCGCAGCTGGACCTCAGTGGAGCCGCCATACAGGGGAATTTCGAGGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057804556.1
MDSLREREDHQELSIGIDGNLNIDNLADDISKLNFDTEKDRGSSVLEKEEQLGDKDMAPMAGNSIHRSSSRPQLDLSGAAIQGNFEEKDPTILLPNQSDDISHLALDIGGSLIKLVYFSRHENQPVNDRRRKIITARLGITNFNRRSFPILGGRLHFVKFETSKITECLDFIYSKQLHRGGMDSRCWQTEGANTENTVIKATGGGAYKFADLFKERLGISIEKEDEMNCLVSGANFLLKAIRHEAFTHMEGRKEFVQLDS...
XP_057804557.1
MDSLREREDHQELSIGIDGNLNIDNLADDISKLNFDTEKDRGSSVLEKEEQLGDKDMAPMAGNSIHRSSSRPQLDLSGAAIQGNFEEKDPTILLPNQSDDISHLALDIGGSLIKLVYFSRHENQPVNDRRRKIITARLGITNFNRRSFPILGGRLHFVKFETSKITECLDFIYSKQLHRGGMDSRCWQTEGANTENTVIKATGGGAYKFADLFKERLGISIEKEDEMNCLVSGANFLLKAIRHEAFTHMEGRKEFVQLDS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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