Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001988`

染色体: Chr04 坐标: 32177864-32179084 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001988`
名称	SmilChr04G001988
描述	protein ALP1-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	32177864 - 32179084 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023311`
GeneID	`131023311`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023311`
原始查询	`SmilChr04G001988`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein ALP1-like
产物	protein ALP1-like
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=52.1; qcov=0.35; evalue=1.47e-29; confidence=low
Rice	`Os06g0597250` - identity=48.5; qcov=0.985; evalue=6.77e-134; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF28509 (DUF8418)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023311

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808839.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057808839.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057808839.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808839.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808839.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:32177902`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,C11,C5
`Chr4:32177914`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B130,B57,C60,D6
`Chr4:32177916`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,C11,C5
`Chr4:32177932`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,C11,C5
`Chr4:32177934`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B130,B57,C60,D6
`Chr4:32177935`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B2
`Chr4:32177935`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr4:32177962`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,B7,C42,C5
`Chr4:32178029`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C18
`Chr4:32178038`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,A8
`Chr4:32178065`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C59
`Chr4:32178065`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808839.1

406 aa

203

406

DUF8418

Plant_tran

DDE_Tnp_4

PF28509 DUF8418 32-71 aa PF04827 Plant_tran 139-342 aa PF13359 DDE_Tnp_4 193-333 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808839.1`	Pfam	`PF28509`	DUF8418	Domain	32	71	1.7e-18	66.8	Domain of unknown function (DUF8418)
`XP_057808839.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	139	342	4.8e-89	298.1	Plant transposon protein
`XP_057808839.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	193	333	4.2e-08	33.7	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952856.1
ATGAATTTCATGCAAGTGGCGAGTTCTTATCGTTTCGAGCCTCCTCCGTTACCGAAGAAGAAGCGGAGAGTTGTTGTCCGTGGTCGTGAAGGTGGAGCCGAGCGCCTCCATCGTGATTATTTTGCTCGTGATCCCGTTTATGGGCCACAATTCTTCCGACGTCGTTTTCGCATTAGCCGGTCATTATTTCTACGCATTGTGAATGCGCTAGAAGTCGATCCTTACTTTCAACAACGTCCCGATGCTTGTGGCCGCTTCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023311
ATGAATTTCATGCAAGTGGCGAGTTCTTATCGTTTCGAGCCTCCTCCGTTACCGAAGAAGAAGCGGAGAGTTGTTGTCCGTGGTCGTGAAGGTGGAGCCGAGCGCCTCCATCGTGATTATTTTGCTCGTGATCCCGTTTATGGGCCACAATTCTTCCGACGTCGTTTTCGCATTAGCCGGTCATTATTTCTACGCATTGTGAATGCGCTAGAAGTCGATCCTTACTTTCAACAACGTCCCGATGCTTGTGGCCGCTTCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808839.1
MNFMQVASSYRFEPPPLPKKKRRVVVRGREGGAERLHRDYFARDPVYGPQFFRRRFRISRSLFLRIVNALEVDPYFQQRPDACGRFDFSPIQKCTAAIRQLAYGTAADCCDEYLCIGETTGLTCLKKFCKAIIRIFSGTYLRRPTTVDVQRLTAMHEAKHGFPGMLGSLDCMHWGWKNCPVAWHGAYTIGDQGEPTIILEAVASQDLWIWHAFFRVAGSNNDINVLHQSTLFNDVLSGTEAAVHFVANNAHHTRGYYLTD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器