当前解析结果
SmilChr04G001992| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001992 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001992 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G001992 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 32232606 - 32234108 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023314 |
|---|---|
| GeneID | 131023314 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023314 |
| 原始查询 | SmilChr04G001992 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0523701- identity=37.3; qcov=0.412; evalue=5.68e-33; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF24964 (DUF7769) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023314 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057808843.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057808843.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808843.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057808843.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057808843.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:32232638 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 5 | B45,B90,B91,B97,D9 |
Chr4:32232638 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 5 | B45,B90,B91,B97,D9 |
Chr4:32232647 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,B22,C76,D10 |
Chr4:32232661 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B107,B32,B71 |
Chr4:32232671 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A2 |
Chr4:32232752 |
CCA |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 31 | A1,A2,B102,B109,B11,B114,B129,B15,B2,B20,B26,B3,B33,B45,B60,B63,B71,B81,B82,B89,B93,B95,B97,C10,C29,C43,C62,C80,C83,D4,D8 |
Chr4:32232755 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C29,C39 |
Chr4:32232767 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B15,B3,B45,B60,C83 |
Chr4:32232778 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B22,B85,C76 |
Chr4:32232794 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B22,C17,C76 |
Chr4:32232797 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B68 |
Chr4:32232797 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B68 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808843.1PF24964
DUF7769 7-61 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808843.1 |
Pfam | PF24964 |
DUF7769 | Domain | 7 | 61 | 2.8e-07 | 30.8 | Domain of unknown function (DUF7769) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。