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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001992

染色体: Chr04 坐标: 32232606-32234108 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001992
名称SmilChr04G001992
描述uncharacterized SmilChr04G001992
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向32232606 - 32234108 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023314
GeneID131023314
locus_tag-
NCBI NameLOC131023314
原始查询SmilChr04G001992

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=37.3; qcov=0.412; evalue=5.68e-33; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
PfamPF24964 (DUF7769)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023314

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808843.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057808843.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808843.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808843.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057808843.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:32232638 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 5 B45,B90,B91,B97,D9
Chr4:32232638 GA G 1bp_deletion CDS_variant 5 B45,B90,B91,B97,D9
Chr4:32232647 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B22,C76,D10
Chr4:32232661 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B32,B71
Chr4:32232671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr4:32232752 CCA C 2bp_deletion frameshift_variant 31 A1,A2,B102,B109,B11,B114,B129,B15,B2,B20,B26,B3,B33,B45,B60,B63,B71,B81,B82,B89,B93,B95,B97,C10,C29,C43,C62,C80,C83,D4,D8
Chr4:32232755 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C29,C39
Chr4:32232767 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B15,B3,B45,B60,C83
Chr4:32232778 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,B85,C76
Chr4:32232794 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,C17,C76
Chr4:32232797 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B68
Chr4:32232797 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808843.1
430 aa
N
1
215
430
DUF7769
C
PF24964 DUF7769 7-61 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808843.1 Pfam PF24964 DUF7769 Domain 7 61 2.8e-07 30.8 Domain of unknown function (DUF7769)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952860.1
ATGGGTAGAAGGAAGGATTTAACAAGTGAGGAAAGGCAAGCCATGGCCTTCTTTCTTCTTCAAAATTCAACAGATGGGAAGCTCCACCATGGGACTATCACTGCTGCCATGGCGAAATGGGGGTGTTGTCGGAGCTCCGTCTCGCGTTTATGGCAGGCTGCAAAAAAGGAGCAAGCACAAGGTCAATTAGTATCCGTTCAAAGCAAAAAAATCAACAAATGTAGAAGAAAAAGAGTGCAAATAGATTTAGAACTCATATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023314
ATGGGTAGAAGGAAGGATTTAACAAGTGAGGAAAGGCAAGCCATGGCCTTCTTTCTTCTTCAAAATTCAACAGATGGGAAGCTCCACCATGGGACTATCACTGCTGCCATGGCGAAATGGGGGTGTTGTCGGAGCTCCGTCTCGCGTTTATGGCAGGCTGCAAAAAAGGAGCAAGCACAAGGTCAATTAGTATCCGTTCAAAGCAAAAAAATCAACAAATGTAGAAGAAAAAGAGTGCAAATAGATTTAGAACTCATATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808843.1
MGRRKDLTSEERQAMAFFLLQNSTDGKLHHGTITAAMAKWGCCRSSVSRLWQAAKKEQAQGQLVSVQSKKINKCRRKRVQIDLELISSLELHKRGTIRRLATGINCSKSTVGIWISKGLIRAHSSAIRPDLTAPNKLLRLRFSLEQIEYDRICNVLKFKNMHNVVHIDEKWFYITKANHKFYLTPEETDPHRTCKKMVPAKRTSKNRLAGTMEEKQIQSITKEVMKACYISKLIPAIWDKWPQFASKTIYIQQDNARPHI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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