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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002004

染色体: Chr04 坐标: 32435983-32437504 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002004
名称SmilChr04G002004
描述uncharacterized SmilChr04G002004
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向32435983 - 32437504 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023317
GeneID131023317
locus_tag-
NCBI NameLOC131023317
原始查询SmilChr04G002004

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=35.2; qcov=0.621; evalue=2.17e-35; confidence=medium
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023317

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808844.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057808844.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808844.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808844.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057808844.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:32436043 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr4:32436044 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C11,C37,C61,C69
Chr4:32436069 TAC T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B41
Chr4:32436069 TAC T 2bp_deletion CDS_variant 1 B41
Chr4:32436082 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C10
Chr4:32436082 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 C10
Chr4:32436099 C CCA 2bp_insertion frameshift_variant 2 B58,B66
Chr4:32436099 C CCA 2bp_insertion CDS_variant 2 B58,B66
Chr4:32436108 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 51 A24,A4,A5,A9,B100,B117,B131,B134,B135,B21,B30,B35,B36,B42,B43,B48,B5,B54,B6,B71,B75,B76,B78,B81,B82,B91,B93,C16,C17,C19,C22,C25,C30,C31,C32,C35,C37,C39,C45,C46,C48,C53,C6,C61,C67,C68,C7,C74,C79,C83,C86
Chr4:32436129 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 9 A16,A3,B118,B137,B63,B80,C41,C58,C78
Chr4:32436138 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 4 A5,B135,B48,C37
Chr4:32436138 AT A 1bp_deletion CDS_variant 4 A5,B135,B48,C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952861.1
ATGAGAAAAGATCTAACTACAACATTAAGAAACCAAGTGGTGCAATTCATCCTCCAAGGCAACATCAATGGAAAAGAGCAATATGGCATATTAGAGGAAGCCCGACAGAAATTTTGTACCTCTCGTTCCACTATTGCTCGGCTGTGGAGGTCTGCAAAGAAGCAACATGAAGAAGGCGAAGTTATAAACAGTGTAAGTCGAAAGATTACTACAAAGCGTAGAACTCAAGTTCACCTAGATTTGAGTATTCTTTCAAATCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023317
ATGAGAAAAGATCTAACTACAACATTAAGAAACCAAGTGGTGCAATTCATCCTCCAAGGCAACATCAATGGAAAAGAGCAATATGGCATATTAGAGGAAGCCCGACAGAAATTTTGTACCTCTCGTTCCACTATTGCTCGGCTGTGGAGGTCTGCAAAGAAGCAACATGAAGAAGGCGAAGTTATAAACAGTGTAAGTCGAAAGATTACTACAAAGCGTAGAACTCAAGTTCACCTAGATTTGAGTATTCTTTCAAATCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808844.1
MRKDLTTTLRNQVVQFILQGNINGKEQYGILEEARQKFCTSRSTIARLWRSAKKQHEEGEVINSVSRKITTKRRTQVHLDLSILSNLEYTKRGTITRLVVGLEISRSTIGRWVKSGKIRAHTSSLKPDLTATKKLLRLRFSLESLELDLKKIKFRDMHNTVHIDEKWFYITRGSHRYYLALGKPEPHRTCKNKKFITKIMFMCAVTRPLIADDGTILFDGKIGIFPSTIQVPAKRNSRNRLADTLETKAIESITKEVIKH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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