Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002008`

染色体: Chr04 坐标: 32568455-32570428 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002008`
名称	SmilChr04G002008
描述	bidirectional sugar transporter SWEET5-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	32568455 - 32570428 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021179`
GeneID	`131021179`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021179`
原始查询	`SmilChr04G002008`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	bidirectional sugar transporter SWEET5-like
产物	bidirectional sugar transporter SWEET5-like
Arabidopsis	`AT5G62850` (AtVEX1) Nodulin MtN3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836406] identity=63.2; qcov=0.946; evalue=4.13e-108; confidence=high
Rice	`Os01g0605700` (OsSWEET6b) - identity=53.6; qcov=0.992; evalue=2.73e-87; confidence=high
GO	GO:0008643 (carbohydrate transport); GO:0016020 (membrane); GO:0051119 (sugar transmembrane transporter activity)
KEGG	-
Pfam	PF03083 (MtN3_slv)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021179

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057806254.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806254.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806254.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806254.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057806254.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:32569030`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B47,C31,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806254.1

241 aa

120

241

MtN3_slv

PF03083 MtN3_slv 11-96 aa PF03083 MtN3_slv 135-219 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806254.1`	Pfam	`PF03083`	MtN3_slv	Repeat	11	96	1.3e-44	150.8	Sugar efflux transporter for intercellular exchange
`XP_057806254.1`	Pfam	`PF03083`	MtN3_slv	Repeat	135	219	1.3e-44	150.8	Sugar efflux transporter for intercellular exchange

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950271.1
TTCACTCAAAAACAAACACCCACTTTCACATTTGTGTTTCTAATTGCAGAAGTTCATCTTTCTTTTCTCATTCACAAGATCATCTCTTTTTCCCATTCTTACTTTTCTTCTAATTACGTGAAGACAATTCTATATAAGGGTTCAAAATGACTATCGATGCAGAAACCGCAAGAACCATTGTCGGGATCATTGGAAATTTCATCTCCTTTGGCCTATTTCTTTCTCCTGGTCCAACTTTCTACAAGATTTGGCAAGAAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021179
ATGACTATCGATGCAGAAACCGCAAGAACCATTGTCGGGATCATTGGAAATTTCATCTCCTTTGGCCTATTTCTTTCTCCTGGTCCAACTTTCTACAAGATTTGGCAAGAAAAATCAGTTCAACATTTCAAACCAGATCCTTATCTTGTAACGGTGCTCAACTGCATGATGTGGTGCTTATATGGCATGCCCTCCGTCCATCCCGATAGCCTCCTCGTCGTCACCATCAATGGCATCGGCTTCTTCATCGAGATCGCCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806254.1
MTIDAETARTIVGIIGNFISFGLFLSPGPTFYKIWQEKSVQHFKPDPYLVTVLNCMMWCLYGMPSVHPDSLLVVTINGIGFFIEIAYVTIFFIYSNTWPKRRKILLYLFVETIFFIVIVFITMFCLHGTKNRSMLVGIICIVMNIGMYTSPLTIMKRVIKTKSVKFMPFYLSIANFANGTIWSIYALIKFDSYVLIPNGLGAISGLVQLILYGCYYKSTNWDEDDSSHQSEMELNDGPNKA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器