当前解析结果
SmilChr04G002012| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002012 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002012 |
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 90A1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 32667902 - 32669430 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131021182 |
|---|---|
| GeneID | 131021182 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021182 |
| 原始查询 | SmilChr04G002012 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 90A1-like |
| 产物 | UDP-glycosyltransferase 90A1-like |
| Arabidopsis | AT2G16890 (AT2G16890)UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816190] identity=46.8; qcov=1.01; evalue=1.76e-143; confidence=high |
| Rice | Os09g0330000- identity=40.7; qcov=1.03; evalue=5.65e-119; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021182 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057806257.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057806257.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057806257.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057806257.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057806257.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:32668013 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,D7 |
Chr4:32668027 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B118,B65,D4 |
Chr4:32668156 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 8 | A16,A3,B118,B137,C58,C59,C78,C84 |
Chr4:32668226 |
TCG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C74 |
Chr4:32668226 |
TCG |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C74 |
Chr4:32668254 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C85 |
Chr4:32668341 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A24,B121,B7,C42 |
Chr4:32668758 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr4:32668772 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C2 |
Chr4:32668983 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr4:32669067 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B108 |
Chr4:32669163 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B108 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806257.1PF00201
UDPGT 234-383 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806257.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 234 | 383 | 3.2e-18 | 66.5 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。