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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002016`

染色体: Chr04 坐标: 32677657-32680011 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002016`
名称	SmilChr04G002016
描述	U-box domain-containing protein 19-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	32677657 - 32680011 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021185`
GeneID	`131021185`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021185`
原始查询	`SmilChr04G002016`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	U-box domain-containing protein 19-like
产物	U-box domain-containing protein 19-like
Arabidopsis	`AT1G60190` (PUB19) ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842314] identity=38.5; qcov=1.02; evalue=3.53e-162; confidence=medium
Rice	`Os08g0415600` (OsPUB5) - identity=39.2; qcov=0.906; evalue=1.54e-137; confidence=medium
GO	GO:0004842 (ubiquitin-protein transferase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016567 (protein ubiquitination)
KEGG	-
Pfam	PF00514 (Arm); PF04564 (U-box); PF25368 (PUB10_N); PF25598 (ARM_PUB)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021185

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057806260.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057806260.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057806260.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057806260.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806260.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:32678012`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr4:32678039`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr4:32678042`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B102,C76
`Chr4:32678224`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr4:32678300`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr4:32678309`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr4:32678624`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C46,D7
`Chr4:32678644`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr4:32678681`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B115,B95,C42
`Chr4:32678921`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88
`Chr4:32679182`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B51,C46,D7
`Chr4:32679204`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806260.1

684 aa

342

684

PUB10_N

U-box

ARM_PUB

Arm

PF25368 PUB10_N 57-163 aa PF04564 U-box 278-346 aa PF25598 ARM_PUB 394-664 aa PF00514 Arm 416-448 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806260.1`	Pfam	`PF25368`	PUB10_N	Domain	57	163	1.1e-14	55.9	PUB10-like, N-terminal domain
`XP_057806260.1`	Pfam	`PF04564`	U-box	Domain	278	346	5.9e-21	75.1	U-box domain
`XP_057806260.1`	Pfam	`PF25598`	ARM_PUB	Repeat	394	664	1.4e-19	71.4	Plant U-box protein ARM repeat region
`XP_057806260.1`	Pfam	`PF00514`	Arm	Repeat	416	448	3.5e-16	59.3	Armadillo/beta-catenin-like repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950277.1
TTTCAAATCCTTCAATTTCTCCCAATCCTAATCCAAACAAAACCGAATAGCTTCATAGTTTTTTCTAAATGATTCGAAAATTCGACCGGCACAGTCGCCGGATACTGAAATTCCCGGTGGTCCATCCCTGCGAGGGGATATCTCCGGCGACACTCCTCGAATCCCTAATCACTCTCTCACACGACATCTGCGATTTCCAGTTCAAACCCTTGGCATCACAGCGCAGAAACGCCCGCGAAACTCTCCGGCAGATCTCAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021185
ATGATTCGAAAATTCGACCGGCACAGTCGCCGGATACTGAAATTCCCGGTGGTCCATCCCTGCGAGGGGATATCTCCGGCGACACTCCTCGAATCCCTAATCACTCTCTCACACGACATCTGCGATTTCCAGTTCAAACCCTTGGCATCACAGCGCAGAAACGCCCGCGAAACTCTCCGGCAGATCTCAATCCTTTCATTATTCTTCGAGGAAATCCGCGAGCACGCGCCGAGCATGTCGGATTCGATCATCCTCTGCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806260.1
MIRKFDRHSRRILKFPVVHPCEGISPATLLESLITLSHDICDFQFKPLASQRRNARETLRQISILSLFFEEIREHAPSMSDSIILCLSELHVTLQRIQLLLSDCARDGAKMLILMRSHSVATQFRSLIRTIATALDVLPLDAIRVPGDIKEVVEMLRKQARRARMEVDAADEAATKRVLLVLNQFENRFEPDPFMIRRVLGYLHINSWLECHKEIRFLEDEICAGYLDGDEREVPLLSSLIGLLSYCRGVLFEDYDVEVI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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