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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002017

染色体: Chr04 坐标: 32717587-32721734 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002017
名称SmilChr04G002017
描述aldehyde dehydrogenase family 2 member B4, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向32717587 - 32721734 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021187
GeneID131021187
locus_tag-
NCBI NameLOC131021187
原始查询SmilChr04G002017

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述aldehyde dehydrogenase family 2 member B4, mitochondrial
产物aldehyde dehydrogenase family 2 member B4%2C mitochondrial
ArabidopsisAT3G48000 (ALDH2B4)
aldehyde dehydrogenase 2B4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823955]
identity=80.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0270900 (OsALDH2B1)
-
identity=80.6; qcov=0.94; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004029 (aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity)
KEGGsmil00010 (Glycolysis / Gluconeogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00053 (Ascorbate and aldarate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00071 (Fatty acid degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00280 (Valine, leucine and isoleucine degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00310 (Lysine degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00330 (Arginine and proline metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00340 (Histidine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00380 (Tryptophan metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00410 (beta-Alanine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00561 (Glycerolipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00620 (Pyruvate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00770 (Pantothenate and CoA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00171 (Aldedh)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021187

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057806263.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 1.00000 XP_057806263.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806263.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806263.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806263.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:32717715 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B63
Chr4:32717740 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B63
Chr4:32717806 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,C46
Chr4:32717929 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr4:32718418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr4:32718427 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B7,C42
Chr4:32719316 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr4:32719331 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr4:32720899 AGC A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B41
Chr4:32720899 AGC A 2bp_deletion CDS_variant 1 B41
Chr4:32721360 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806263.1
537 aa
N
1
268
537
Aldedh
C
PF00171 Aldedh 65-527 aa
XP_057806264.1
537 aa
N
1
268
537
Aldedh
C
PF00171 Aldedh 65-527 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806263.1 Pfam PF00171 Aldedh Family 65 527 3e-181 603.7 Aldehyde dehydrogenase family
XP_057806264.1 Pfam PF00171 Aldedh Family 65 527 3e-181 603.7 Aldehyde dehydrogenase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950280.1
ACCAGAGTGGATTCTGGAGAAAAGGCTGTGTTTGCTTCATTTCTCTATTGCTGTAGATATATATCAAAACACTAAATTTATTTTACGTATATATATATAGAGGAATGGATTTAGACGTCATATGATATAAAAGGTTTGCACCGAGAAATTAAGTGAGTTCAGAAAAGGGGAAGTGGGAAGAGATAGATACATGGCAGCTCGCAGAATCTCCACCATGCTCTCTCGCTCTCTCTCTCTCTCCTCCGCTGCTACTTCACTTG...
XM_057950281.1
ACCAGAGTGGATTCTGGAGAAAAGGCTGTGTTTGCTTCATTTCTCTATTGCTGTAGATATATATCAAAACACTAAATTTATTTTACGTATATATATATAGAGGAATGGATTTAGACGTCATATGATATAAAAGGTGGTTTGCACCGAGAAATTAAGTGAGTTCAGAAAAGGGGAAGTGGGAAGAGATAGATACATGGCAGCTCGCAGAATCTCCACCATGCTCTCTCGCTCTCTCTCTCTCTCCTCCGCTGCTACTTCAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131021187
ATGGCAGCTCGCAGAATCTCCACCATGCTCTCTCGCTCTCTCTCTCTCTCCTCCGCTGCTACTTCACTTGGCAGAAAATATGGATTGGGAAGGGGAATGCAAAGATTTAGTACTGGCACTGCTGCAGTTCTTGAGGAACCAATAACCCCTCCTGTTGAAATTAATTACACCAAGCTTCTCATCAATGGCCAATTTGTGGATTCAGCATCTGGAAAAACATTTCCCACCTTGGATCCCCGGACCGGAGAAGTCATTGCCCA...
LOC131021187
ATGGCAGCTCGCAGAATCTCCACCATGCTCTCTCGCTCTCTCTCTCTCTCCTCCGCTGCTACTTCACTTGGCAGAAAATATGGATTGGGAAGGGGAATGCAAAGATTTAGTACTGGCACTGCTGCAGTTCTTGAGGAACCAATAACCCCTCCTGTTGAAATTAATTACACCAAGCTTCTCATCAATGGCCAATTTGTGGATTCAGCATCTGGAAAAACATTTCCCACCTTGGATCCCCGGACCGGAGAAGTCATTGCCCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057806263.1
MAARRISTMLSRSLSLSSAATSLGRKYGLGRGMQRFSTGTAAVLEEPITPPVEINYTKLLINGQFVDSASGKTFPTLDPRTGEVIAHVAEGDKEDINRAVSAARKAFDEGPWPKMSAYERSRIILRFADLVEKNMKELAQLETWDNGKPFQQALTAEVPMFVRLFHYYAGWADKIHGLTVPADGPHHVQVLHEPIGVAGQIIPWNFPLLMFAWKVGPALACGNTIVLKTAEQTPLTALYVAKLFHEAGLPDGVLNIVSGY...
XP_057806264.1
MAARRISTMLSRSLSLSSAATSLGRKYGLGRGMQRFSTGTAAVLEEPITPPVEINYTKLLINGQFVDSASGKTFPTLDPRTGEVIAHVAEGDKEDINRAVSAARKAFDEGPWPKMSAYERSRIILRFADLVEKNMKELAQLETWDNGKPFQQALTAEVPMFVRLFHYYAGWADKIHGLTVPADGPHHVQVLHEPIGVAGQIIPWNFPLLMFAWKVGPALACGNTIVLKTAEQTPLTALYVAKLFHEAGLPDGVLNIVSGY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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