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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002023`

染色体: Chr04 坐标: 32805679-32807435 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002023`
名称	SmilChr04G002023
描述	RING-H2 finger protein ATL47-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	32805679 - 32807435 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021193`
GeneID	`131021193`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021193`
原始查询	`SmilChr04G002023`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RING-H2 finger protein ATL47-like
产物	RING-H2 finger protein ATL47-like
Arabidopsis	`AT5G40250` (AT5G40250) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834023] identity=44.9; qcov=1.06; evalue=8.51e-86; confidence=medium
Rice	`Os02g0743100` - identity=43.8; qcov=1.05; evalue=2.26e-75; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF12861 (zf-ANAPC11); PF13639 (zf-RING_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021193

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057806275.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057806275.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806275.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806275.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806275.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:32806225`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B1,B128
`Chr4:32806333`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:32806386`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B32
`Chr4:32806386`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B32
`Chr4:32806640`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B76
`Chr4:32806710`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,A8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806275.1

316 aa

158

316

zf-RING_11

zf-RING_2

zf-C3HC4

zf-rbx1

zf-ANAPC11

PF17123 zf-RING_11 97-126 aa PF13639 zf-RING_2 97-140 aa PF00097 zf-C3HC4 98-139 aa PF12678 zf-rbx1 113-140 aa PF12861 zf-ANAPC11 113-141 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806275.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	97	126	4.2e-08	33.5	RING-like zinc finger
`XP_057806275.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	97	140	1.4e-13	51.5	Ring finger domain
`XP_057806275.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	98	139	7e-06	26.5	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057806275.1`	Pfam	`PF12678`	zf-rbx1	Domain	113	140	1.3e-09	38.8	RING-H2 zinc finger domain
`XP_057806275.1`	Pfam	`PF12861`	zf-ANAPC11	Domain	113	141	6.4e-06	26.8	Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950292.1
ATGAGGGCACCCTTTTGCTGATATCAGGTGAACTAAAAGACAGAAACCATAGTTTCAAATTTGCCTTTACATCCAACTTTGTCTCCCTCTGAATTTTGTTGCAAATTTCAGTTCACACTCTCAAAACTCCATCTTTCCTTACTCCACCTCTCACACACAGCACACAGTAGCACAATATGTGAGTAGTTTTTTTTTTATCATTATTATTATTCTTTGCCAATCTTGCTTTGACATATTTTCTCTGGCACAGTCTTGATATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021193
ATGGGCAGAATCAGCCCAATAATTCTGCTAGTGATAGTGATTCTTGCAATTGGCTTCTTCCTACTTGGATTACTACAGCTTGTGATTAGGTGTGTGATGAAGAGGCCATCATTTTCCTCAATCTCACAATCCAGCAGGCTCCCTGATGTTGCTGCAGCTGCTTCCCACACATTCCAGAGGCAGCTGCAGCAGCTTTTCCGGCTGCACGACTCCGGCCTCGATCAATCATTGATCGATGCTCTGCCCCTTTTTTACTACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806275.1
MGRISPIILLVIVILAIGFFLLGLLQLVIRCVMKRPSFSSISQSSRLPDVAAAASHTFQRQLQQLFRLHDSGLDQSLIDALPLFYYKDIIGLKEPFDCAVCLSEFSFLDKLKVLPVCSHAFHIHCIEAWLLSNSTCPLCRSLIGLGNSVENPLFNTYDMDHQWILPCPNGGPNCSSPAHNGLEMNNAGPARTFSIRLGKFRSTNEGVDSEIKMQNEVTSTSSIDARRCYSMGAFQYVVGDGNLQVALPRGNGVATRAKAR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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