当前解析结果
SmilChr04G002024| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002024 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002024 |
| 描述 | anaphase-promoting complex subunit 10 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 32817934 - 32820046 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131021194 |
|---|---|
| GeneID | 131021194 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021194 |
| 原始查询 | SmilChr04G002024 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | anaphase-promoting complex subunit 10 |
| 产物 | anaphase-promoting complex subunit 10 |
| Arabidopsis | AT2G18290 (APC10)anaphase promoting complex 10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816345] identity=86.7; qcov=0.948; evalue=5.68e-122; confidence=high |
| Rice | Os05g0579800 (APC10)- identity=86.4; qcov=0.921; evalue=4.27e-111; confidence=high |
| GO | GO:0005680 (anaphase-promoting complex); GO:0031145 (anaphase-promoting complex-dependent catabolic process); GO:0070979 (protein K11-linked ubiquitination) |
| KEGG | smil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF03256 (ANAPC10) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021194 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057806276.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 1.00000 | XP_057806276.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057806276.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057806276.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057806276.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:32819697 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B140,B41,B46 |
Chr4:32819768 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B31 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806276.1PF03256
ANAPC10 25-187 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806276.1 |
Pfam | PF03256 |
ANAPC10 | Family | 25 | 187 | 8.6e-76 | 254.4 | Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。