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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002026

染色体: Chr04 坐标: 32928238-32930971 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002026
名称SmilChr04G002026
描述uncharacterized SmilChr04G002026
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向32928238 - 32930971 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021196
GeneID131021196
locus_tag-
NCBI NameLOC131021196
原始查询SmilChr04G002026

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0643050; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os03g0643050; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT5G41980 (AT5G41980)
nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203]
identity=34.3; qcov=1.05; evalue=7.01e-45; confidence=low
RiceOs03g0643050
-
identity=44.2; qcov=0.975; evalue=1.27e-62; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF01609 (DDE_Tnp_1); PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021196

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057806278.1
2 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057806278.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057806278.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057806278.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806278.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:32928397 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr4:32928415 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C5
Chr4:32928445 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr4:32928487 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C15,C21
Chr4:32928506 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B3,B70,C62
Chr4:32928592 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:32928686 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr4:32928692 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 19 A18,A22,A4,A7,B10,B12,B140,B42,B43,B55,B66,B78,B98,C16,C2,C52,C58,C86,D11
Chr4:32928740 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 1 D11
Chr4:32928740 T TA 1bp_insertion CDS_variant 1 D11
Chr4:32928743 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 3 B14,B16,B59
Chr4:32928743 AT A 1bp_deletion CDS_variant 3 B14,B16,B59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806278.1
237 aa
N
1
118
237
Plant_tran
DDE_Tnp_1
DDE_Tnp_4
C
PF04827 Plant_tran 8-179 aa PF01609 DDE_Tnp_1 10-174 aa PF13359 DDE_Tnp_4 16-176 aa
XP_057806279.1
237 aa
N
1
118
237
Plant_tran
DDE_Tnp_1
DDE_Tnp_4
C
PF04827 Plant_tran 8-179 aa PF01609 DDE_Tnp_1 10-174 aa PF13359 DDE_Tnp_4 16-176 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806278.1 Pfam PF04827 Plant_tran Family 8 179 1.5e-08 35.2 Plant transposon protein
XP_057806278.1 Pfam PF01609 DDE_Tnp_1 Domain 10 174 6.9e-10 39.7 Transposase DDE domain
XP_057806278.1 Pfam PF13359 DDE_Tnp_4 Domain 16 176 2.9e-25 89.4 DDE superfamily endonuclease
XP_057806279.1 Pfam PF04827 Plant_tran Family 8 179 1.5e-08 35.2 Plant transposon protein
XP_057806279.1 Pfam PF01609 DDE_Tnp_1 Domain 10 174 6.9e-10 39.7 Transposase DDE domain
XP_057806279.1 Pfam PF13359 DDE_Tnp_4 Domain 16 176 2.9e-25 89.4 DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950296.1
TCCTGTAGCAAGTAGATAAAAAATCCGCCGCACCCCCTGAGTTTAATTTTCTCTCTTTCAACAGTGGTATAGATTAGCTTTTTGCTTTCCATATTAGCCCTCAAAAACTATTTGAAATCTATTTTGCGTGAAGCCCCGCCATTTGTTGCTCGTGTTCTACACAACAAATTTGAGTTTCTACTACTCCAACCTGAATTTGAAATTTCGTTTCAGAGACGAAAGGTATCCGTGCTTAACCATCTGGTGTATTACTGGAGAGG...
XM_057950295.1
TCCTGTAGCAAGTAGATAAAAAATCCGCCGCACCCCCTGAGTTTAATTTTCTCTCTTTCAACAGTGGTATAGATTAGCTTTTTGCTTTCCATATTAGCCCTCAAAAACTATTTGAAATCTATTTTGCGTGAAGCCCCGCCATTTGTTGCTCGTGTTCTACACAACAAATTTGAGTTTCTACTACTCCAACCTGAATTTGAAATTTCGTTTCAGAGACGAAAGGTATCCGTGCTTAACCATCTGGTGTATTACTGGAGAGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131021196
ATGGACAATAGGTGGAAATGGTTCAAGGGCTGTTTGGGTGCACTCGATGGTTCTTATATAAATGTGACTGTGAGCAATTGTGACAAGCCAAGGTACCGGACTCGAAAGGGACAAATATCAACTAACACCCTCGCGGTTTGTGATAGAAATATGCAATTTGTTTATGTGCTCCCTGGTTGGGAAGGCTCCGCAGCCGATTCGCGGATATTGCGGGATTCCTTGACACGGGTGCACGGGTTGAGGGTGCCTAGAGGCTGTTA...
LOC131021196
ATGGACAATAGGTGGAAATGGTTCAAGGGCTGTTTGGGTGCACTCGATGGTTCTTATATAAATGTGACTGTGAGCAATTGTGACAAGCCAAGGTACCGGACTCGAAAGGGACAAATATCAACTAACACCCTCGCGGTTTGTGATAGAAATATGCAATTTGTTTATGTGCTCCCTGGTTGGGAAGGCTCCGCAGCCGATTCGCGGATATTGCGGGATTCCTTGACACGGGTGCACGGGTTGAGGGTGCCTAGAGGCTGTTA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057806278.1
MDNRWKWFKGCLGALDGSYINVTVSNCDKPRYRTRKGQISTNTLAVCDRNMQFVYVLPGWEGSAADSRILRDSLTRVHGLRVPRGCYYLCDNGYANSEGFLTPYKGIRYHLKEWGPNTSRPQNAKELFNLRHAKARNVIERAFGVMKMRWGILRSATFYPVKTQNRLIMSCFILHNFIRAEMTNDPLEQEFDNANVNNDEDVEGDGEVIDGIEASPMWNAERDLLAQSMWLNYQNNI
XP_057806279.1
MDNRWKWFKGCLGALDGSYINVTVSNCDKPRYRTRKGQISTNTLAVCDRNMQFVYVLPGWEGSAADSRILRDSLTRVHGLRVPRGCYYLCDNGYANSEGFLTPYKGIRYHLKEWGPNTSRPQNAKELFNLRHAKARNVIERAFGVMKMRWGILRSATFYPVKTQNRLIMSCFILHNFIRAEMTNDPLEQEFDNANVNNDEDVEGDGEVIDGIEASPMWNAERDLLAQSMWLNYQNNI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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