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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002034

染色体: Chr04 坐标: 33037597-33038454 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002034
名称SmilChr04G002034
描述uncharacterized SmilChr04G002034
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向33037597 - 33038454 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023323
GeneID131023323
locus_tag-
NCBI NameLOC131023323
原始查询SmilChr04G002034

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0439900
-
identity=26; qcov=0.93; evalue=9.34e-22; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023323

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057808848.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057808848.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057808848.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057808848.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808848.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:33037611 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 8 A1,B102,B54,B55,B72,C29,C71,D6
Chr4:33037616 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B92
Chr4:33037627 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr4:33037628 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B104,C30,C33
Chr4:33037633 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr4:33037662 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B104,B99,C30,D9
Chr4:33037704 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr4:33037725 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr4:33037774 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr4:33037775 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C82
Chr4:33037775 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 C82
Chr4:33037783 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952865.1
ATGAGGGCCCCAGCCGACCGGAGGGACAGGTCCAAGTGGTGTGAGTTCCATGCAGACCATGAGCATCGGATAGAGGATTGCATCGCCCTCAGATTGGAAGTGGCCCACCTACTAAAACAAGGGCACCTCACCGATTACCTAACCGAGAAGGGCAAGCAGACCCTACAACAAGGAAGGGATAGACATGATGACCATAGAGAAGCTACACCGCCAAACCCACCATCTCATGAAAGAACCGTGAATGTGATATCTGGTGACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023323
ATGAGGGCCCCAGCCGACCGGAGGGACAGGTCCAAGTGGTGTGAGTTCCATGCAGACCATGAGCATCGGATAGAGGATTGCATCGCCCTCAGATTGGAAGTGGCCCACCTACTAAAACAAGGGCACCTCACCGATTACCTAACCGAGAAGGGCAAGCAGACCCTACAACAAGGAAGGGATAGACATGATGACCATAGAGAAGCTACACCGCCAAACCCACCATCTCATGAAAGAACCGTGAATGTGATATCTGGTGACTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808848.1
MRAPADRRDRSKWCEFHADHEHRIEDCIALRLEVAHLLKQGHLTDYLTEKGKQTLQQGRDRHDDHREATPPNPPSHERTVNVISGDSEVSWVTHSAAKKHTRQAKSNKAETNMPCQTASTLPTQTISFHTTESDKLIHPHHDALVISIFIANCLTKRVLIDNGSSANILFFDAFREMGLNESKIIKKSAVLIGFSGETKTTMGEIDLPVYAEGVNQSTKFLVINALSAFNVILDRPWIHDMEAVPSTYHQVIRFPTKWDI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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