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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002049`

染色体: Chr04 坐标: 33216901-33217485 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002049`
名称	SmilChr04G002049
描述	protein ALP1-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	33216901 - 33217485 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023325`
GeneID	`131023325`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023325`
原始查询	`SmilChr04G002049`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein ALP1-like
产物	protein ALP1-like
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=52.2; qcov=0.582; evalue=4.18e-34; confidence=medium
Rice	`Os01g0872900` - identity=57.2; qcov=0.784; evalue=3.85e-58; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023325

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808851.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057808851.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808851.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808851.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057808851.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:33216910`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B42,B57,C46,C48
`Chr4:33216920`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B88,D3
`Chr4:33216921`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B57,C46,C48,C56
`Chr4:33216930`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	27	A20,B102,B107,B120,B13,B132,B15,B24,B34,B36,B40,B67,B88,C11,C12,C15,C33,C39,C41,C51,C54,C57,C71,C75,C76,C86,D1
`Chr4:33216931`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	A6,B13,B94,B99,C18,D9
`Chr4:33216934`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	A2,A8,B104,B57,C46,C48
`Chr4:33216948`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B132,B15,B24,C11,C41
`Chr4:33216949`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B132,B15,B24,C11,C41
`Chr4:33216951`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B57,C31,C46,C48
`Chr4:33216984`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B57,C31,C46
`Chr4:33216984`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B57,C31,C46
`Chr4:33217014`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B103,B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808851.1

194 aa

194

Plant_tran

DDE_Tnp_4

PF04827 Plant_tran 9-160 aa PF13359 DDE_Tnp_4 11-151 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808851.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	9	160	1.4e-64	218.2	Plant transposon protein
`XP_057808851.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	11	151	1.4e-08	35.2	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952868.1
ATGACAAGGCGCATACACTCGCGGCGATCAGGGGAACCGACCATCATCCTCGAAGTCGTCGCATCTCAAGATCTATGGATCTGGCATGCCTTTTTTGGGATTCCTGGTTCGAACAATGACCTCAACGTGCTCAATGCTTCGACGTTGTTCAACGATCGCCTACGAGGAATGGGAGTGCCGATCACATATCAAGTCAACAACTCCTACTACACAAGTGGGTACTACTTGACTAACGGCATCTACCCCAATTGGCCTGTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023325
ATGACAAGGCGCATACACTCGCGGCGATCAGGGGAACCGACCATCATCCTCGAAGTCGTCGCATCTCAAGATCTATGGATCTGGCATGCCTTTTTTGGGATTCCTGGTTCGAACAATGACCTCAACGTGCTCAATGCTTCGACGTTGTTCAACGATCGCCTACGAGGAATGGGAGTGCCGATCACATATCAAGTCAACAACTCCTACTACACAAGTGGGTACTACTTGACTAACGGCATCTACCCCAATTGGCCTGTTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808851.1
MTRRIHSRRSGEPTIILEVVASQDLWIWHAFFGIPGSNNDLNVLNASTLFNDRLRGMGVPITYQVNNSYYTSGYYLTNGIYPNWPVFVKSPTHPTDTKEKRFKVMQEAARKDIEWAFGVLQARWAIVKGPSSLWSKEEMSDIMFTCIILHNMIIEDEGEHATQWEEEVTDEASSSAAASRPRAGVPPDFCVFVA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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