Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002053

染色体: Chr04 坐标: 33258386-33259836 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002053
名称SmilChr04G002053
描述protein JINGUBANG-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向33258386 - 33259836 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021222
GeneID131021222
locus_tag-
NCBI NameLOC131021222
原始查询SmilChr04G002053

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein JINGUBANG-like
产物protein JINGUBANG-like
ArabidopsisAT5G50120 (AT5G50120)
Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835077]
identity=48.5; qcov=1.03; evalue=2.08e-118; confidence=high
RiceOs02g0740900 (OsWD40-54)
-
identity=45.6; qcov=1; evalue=5.17e-102; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00400 (WD40)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021222

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057806314.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057806314.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806314.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806314.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057806314.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:33258600 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,C76
Chr4:33258911 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:33258957 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr4:33258971 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 1 A4
Chr4:33258971 G GC 1bp_insertion CDS_variant 1 A4
Chr4:33259192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr4:33259235 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B38,B39
Chr4:33259235 CG C 1bp_deletion CDS_variant 2 B38,B39
Chr4:33259309 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B107
Chr4:33259330 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr4:33259467 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr4:33259543 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806314.1
375 aa
N
1
188
375
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 149-183 aa PF00400 WD40 196-225 aa PF00400 WD40 237-271 aa PF00400 WD40 284-315 aa PF00400 WD40 326-366 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806314.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 149 183 2.1e-37 126.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057806314.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 196 225 2.1e-37 126.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057806314.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 237 271 2.1e-37 126.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057806314.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 284 315 2.1e-37 126.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057806314.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 326 366 2.1e-37 126.7 WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950331.1
CACTATATATATATATATGACGTACACACATAATATTAAATTTCATGTTATATATAGCACATCCATATCAATAAAACATAACACTAGAAATTAAACAAGTTGGGCACCTCAAAATCAGCTCACTCCCTACTTCTCTCTCTCTCTCAATGTAATCACCCCAAAATCAAAATGTGGCCAAGTGATGACCAAACTTGCACCTCAAGCATTGATGACCCTCCATCACCGCCGCCGCCGCTCCGCCACCACTGCGTGGCGACTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021222
ATGTGGCCAAGTGATGACCAAACTTGCACCTCAAGCATTGATGACCCTCCATCACCGCCGCCGCCGCTCCGCCACCACTGCGTGGCGACTCTCAAGGGCCACACCTCCTACACTTCCGCCCTCGCCCTCGCCGGAGAGCACCTCTTCACGGGCTCCTCCTCGGGCCAAATCCACCGCGCCGGCCTAACCTCCCTCCCCCACCACCAAACCCTACCCGACGACGCCATGATCGCCGCCGGAGAAGGCGCCGTGAAGGCCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806314.1
MWPSDDQTCTSSIDDPPSPPPPLRHHCVATLKGHTSYTSALALAGEHLFTGSSSGQIHRAGLTSLPHHQTLPDDAMIAAGEGAVKALVASSGKLITAHQDHKIRVWSVDHAAGNQHQRITQLATLPTLSDRAVKLLLPGNHVRVRRHKTSTWVHHVDAVSALALSGDESLLYSVSWDRTLKIWRTADFKCLESVADAHDDAINAVALSGNGAVYTGSSDGKIKVWTRRQGEKAYSLAATLTKHKAGINTLAMSHDGAVLY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器