Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002056`

染色体: Chr04 坐标: 33302934-33308415 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002056`
名称	SmilChr04G002056
描述	aminoaldehyde dehydrogenase 2, peroxisomal-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	33302934 - 33308415 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021225`
GeneID	`131021225`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021225`
原始查询	`SmilChr04G002056`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	aminoaldehyde dehydrogenase 2, peroxisomal-like
产物	aminoaldehyde dehydrogenase 2%2C peroxisomal-like
Arabidopsis	`AT1G74920` (ALDH10A8) aldehyde dehydrogenase 10A8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843831] identity=80.8; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0424500` (SK2(T)(SCL) - identity=75.7; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0016620 (oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor)
KEGG	smil00260 (Glycine, serine and threonine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00670 (One carbon pool by folate - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00171 (Aldedh)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021225

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057806316.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057806316.1`
3	Peroxisome	过氧化物酶体	0.40000	`XP_057806316.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806316.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806316.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:33303506`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B38,B39,B85
`Chr4:33304643`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B104,B13,B46,C85
`Chr4:33305824`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,D11
`Chr4:33306006`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:33307954`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806316.1

503 aa

252

503

Aldedh

PF00171 Aldedh 16-485 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806316.1`	Pfam	`PF00171`	Aldedh	Family	16	485	1.9e-173	578.0	Aldehyde dehydrogenase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950333.1
CACAATCTTGCGTATTATTTAAATGCCATAAAAGATAAGGTAAAACACTTAAGTATTTCGAACCTCGAAAGTAATGCTAACTTTGTTTATTCATCCACCAATCCACACTCAGTTGAATCATCACTACAAAGTTAAAACCACATTTCTTAATCAAAGCTCAAAAAACAGTAGTATTAAAAAAGATCACACACTACACACAGTGAGAGCTCACACGGCAGAGCAGAGTGATAATTAATGGCAATCCCTATACCAAGTCGTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021225
ATGGCAATCCCTATACCAAGTCGTCAACTCTTCATCGACGGAGAATGGAGAGAGCCCGTCCATAAGAATCGCATCCCCATCATCAACCCCTCCACTGAGGAGACTATCGGGGATATTCCAGCAGCTACAGCTGAAGATGTTAAGATTGCGGTTGAGGCAGCTCGCAAAGCTCTTGTTCGGAATGGGGGCAAAGATTGGGCCAATGCGACGGGTGCACACCGTGCCAAGTACTTACGAGCCATTGCTGCTAAGATAACAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806316.1
MAIPIPSRQLFIDGEWREPVHKNRIPIINPSTEETIGDIPAATAEDVKIAVEAARKALVRNGGKDWANATGAHRAKYLRAIAAKITEKKSDLAKLEALDCGKPLEEAAWDIDDVAGCFEYFADMAEAFDSKKKTPVSVPMDTFKCYVLKEPLGVVGLITPWNYPLLMATWKVAPALAAGCTAILKPSELASITCLELAEVCRDVGLPSGVLNILTGFGPEAGAPLVSHPDVDKIAFTGSSATGSKIMTAAASLVKPVTLE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器