Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002062`

染色体: Chr04 坐标: 33363185-33367784 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002062`
名称	SmilChr04G002062
描述	anaphase-promoting complex subunit 8
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	33363185 - 33367784 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021230`
GeneID	`131021230`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021230`
原始查询	`SmilChr04G002062`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	anaphase-promoting complex subunit 8
产物	anaphase-promoting complex subunit 8
Arabidopsis	`AT3G48150` (APC8) anaphase-promoting complex subunit 8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823970] identity=77.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0656300` (APC8) - identity=67.1; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0005680 (anaphase-promoting complex); GO:0051301 (cell division)
KEGG	smil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF04049 (ANAPC8); PF13181 (TPR_8); PF13414 (TPR_11); PF13428 (TPR_14); PF13432 (TPR_16)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021230

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057806327.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057806327.1`
3	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057806327.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057806327.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806327.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:33363654`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A13,B3,C13
`Chr4:33363762`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,B63
`Chr4:33363813`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,B63
`Chr4:33366115`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:33366127`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B54
`Chr4:33366137`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B138,B24,B31,B5,C83
`Chr4:33366161`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,B94
`Chr4:33366201`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B54
`Chr4:33366604`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:33366916`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B48,B60
`Chr4:33366937`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:33367000`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806327.1

580 aa

290

580

ANAPC8

TPR_8

TPR_14

TPR_16

TPR_11

TPR_8

PF04049 ANAPC8 7-284 aa PF13181 TPR_8 346-377 aa PF13181 TPR_8 380-410 aa PF13428 TPR_14 380-422 aa PF13432 TPR_16 385-424 aa PF13414 TPR_11 386-427 aa PF13181 TPR_8 485-508 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806327.1`	Pfam	`PF04049`	ANAPC8	Repeat	7	284	9e-79	265.4	Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23
`XP_057806327.1`	Pfam	`PF13181`	TPR_8	Repeat	346	377	1.6e-22	78.4	Tetratricopeptide repeat
`XP_057806327.1`	Pfam	`PF13181`	TPR_8	Repeat	380	410	1.6e-22	78.4	Tetratricopeptide repeat
`XP_057806327.1`	Pfam	`PF13428`	TPR_14	Repeat	380	422	1.7e-18	66.0	Tetratricopeptide repeat
`XP_057806327.1`	Pfam	`PF13432`	TPR_16	Repeat	385	424	5.3e-10	40.3	Tetratricopeptide repeat
`XP_057806327.1`	Pfam	`PF13414`	TPR_11	Repeat	386	427	7.1e-17	61.5	TPR repeat
`XP_057806327.1`	Pfam	`PF13181`	TPR_8	Repeat	485	508	1.6e-22	78.4	Tetratricopeptide repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950344.1
CGCAATAATTAAAAAAAAAAAAAAAGAAGTTTCACATGTGAATGATTTGAAGTTGGAAGTTCAAAATTCACCACCAAGGCGCGGTCGCCGATACAAAAACCCCAACGCCTCCTCGCCGTTACCCGCCGCTGCAATTTCATCTCAAAATTTCAAGCACATCGAGCGACAGACGTTAATGTCAGCAATCTCACCGACGTGAAGCTTATGAGAATTAGTTAATCATGGCTTCCAAAGAAACCTGCAGAACCGAGCTCCGCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021230
ATGGCTTCCAAAGAAACCTGCAGAACCGAGCTCCGCGCCGCCGTGCGCCACCTCAGCGAGCGCGGCCTCTACACAGCAGCCAAATGGGCAGCGGAGCAGTTGATGGGGATAGAGCAAGACCCCTCGAAGCACACGCCGTCACACACCAGATTCCAGCGCGGCAGCTCCAGCATCCGCCGCCGCTTCCGCACGGCCACCCCCGCGGAGTCCTCCGCCACCCCTTCTGCCGGGGTGTCGTATGTCACGACGCCATCGCATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806327.1
MASKETCRTELRAAVRHLSERGLYTAAKWAAEQLMGIEQDPSKHTPSHTRFQRGSSSIRRRFRTATPAESSATPSAGVSYVTTPSHVAAEEYEYDLMDSDFYLLAKSYFDCREYRRTAHVLRDQTSKKAMFLRCYALYLAGEKRKEEEMIELEGPLGKSDAVNRELLSLERELSTLRKNGTIDPFGLYVYGLVLKEKGSENLARSVFVESVNSYPWNWSAWSELQASCTTIEALNSLNLNNHWMKDFFLASAYQELRMHN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器