Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002065`

染色体: Chr04 坐标: 33375366-33377565 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002065`
名称	SmilChr04G002065
描述	transcription factor MYB1R1
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	33375366 - 33377565 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021235`
GeneID	`131021235`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021235`
原始查询	`SmilChr04G002065`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor MYB1R1
产物	transcription factor MYB1R1
Arabidopsis	`AT1G19000` (AT1G19000) Homeodomain-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838481] identity=46; qcov=1.11; evalue=1.42e-56; confidence=high
Rice	`Os10g0561400` (OsMYBS3) - identity=55.5; qcov=0.516; evalue=1.1e-47; confidence=medium
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0009723 (response to ethylene); GO:0009733 (response to auxin); GO:0009739 (response to gibberellin)
KEGG	-
Pfam	PF00249 (Myb_DNA-binding)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021235

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057806331.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806331.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806331.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057806331.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057806331.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:33375780`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A21,C5,C54
`Chr4:33375829`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,A8
`Chr4:33375836`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr4:33376023`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,C42,C8
`Chr4:33376632`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B109
`Chr4:33376632`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B109
`Chr4:33377072`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806331.1

283 aa

142

283

Myb_DNA-binding

PF00249 Myb_DNA-binding 82-127 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806331.1`	Pfam	`PF00249`	Myb_DNA-binding	Domain	82	127	2.5e-11	44.2	Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950348.1
TTACCGTATAGGAAATGAGGGATGCATGAATTGAATCCTCACAATATGAAATGTATCCAAACATTAAATGGCGTTATCCCGAAACGCCCACCCAAACACCCACTTATCCTCAACGTTAATCTCTATTATTTTAGTATTTAGTAAAATAAAAATTCCAGCGCTGCATTGTACGGCCATCACGTTTCACAAAGCCTTTTTTCCTCATCGTATATAAAACCAGCTAATTGCTTTGCACCACTTCATTCATTTCACTCAATCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021235
ATGTCGCAGAGCAGCGAGTCGCCGTCCTCCGCCGCCACCGGCGGCGAGATCATGCTGTTTGGTGTCAGAGTCAGAGTTGATCCAATGAGGAAGAGCGTCAGTATGAATAATCTGTCTGAATACGAGCCTGTGGTTAACAACGGGAACGAGATTCCCAAGGATGCGGCCGACGCCGGCTACGCCTCCGCCGATGAAGCCGTGCCTCATCCATCCGCCGGGAATCGCGAGCGTAAGCGAGGAATTCCGTGGACAGAGGAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806331.1
MSQSSESPSSAATGGEIMLFGVRVRVDPMRKSVSMNNLSEYEPVVNNGNEIPKDAADAGYASADEAVPHPSAGNRERKRGIPWTEEEHKLFLVGLQKVGKGDWRGISRNYVKTRTPTQVASHAQKYFLRRSNINRRRRRSSLFDITTDSVTAMPIEEAAKNHHQESPLPPPTTVPLPITSNGSNGFSVVPFPVTVSPVMFTMQSGNTAIAQTEVAKNSSPTMLVCPVPCSSTMVDLNLRQHVVVEPSPLSLRLSLSSGQD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器