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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002067

染色体: Chr04 坐标: 33425626-33430020 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002067
名称SmilChr04G002067
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74850, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向33425626 - 33430020 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021236
GeneID131021236
locus_tag-
NCBI NameLOC131021236
原始查询SmilChr04G002067

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74850, chloroplastic
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74850%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G74850 (PTAC2)
plastid transcriptionally active 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843824]
identity=72; qcov=0.945; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0824100 (OspTAC2)
-
identity=53.2; qcov=0.915; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021236

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057806332.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.60000 XP_057806332.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806332.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806332.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806332.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:33426021 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:33426099 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B52,C1,C72
Chr4:33428192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C39,C75
Chr4:33428882 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,B63
Chr4:33429040 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr4:33429093 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr4:33429720 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806332.1
858 aa
N
1
429
858
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
TPR_24
PPR
PPR_long
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
C
PF13812 PPR_3 103-154 aa PF01535 PPR 144-172 aa PF13812 PPR_3 164-222 aa PF13041 PPR_2 176-224 aa PF01535 PPR 179-207 aa PF17177 PPR_long 193-333 aa PF01535 PPR 214-244 aa PF13812 PPR_3 234-295 aa PF12854 PPR_1 243-274 aa PF13041 PPR_2 246-293 aa PF01535 PPR 249-279 aa PF01535 PPR 285-311 aa PF13812 PPR_3 305-365 aa PF13041 PPR_2 316-363 aa PF23276 TPR_24 319-405 aa PF01535 PPR 320-348 aa PF17177 PPR_long 334-461 aa PF01535 PPR 355-380 aa PF13041 PPR_2 358-397 aa PF13812 PPR_3 375-435 aa PF01535 PPR 390-419 aa PF13812 PPR_3 410-470 aa PF01535 PPR 425-454 aa PF23276 TPR_24 433-553 aa PF13812 PPR_3 444-503 aa PF13041 PPR_2 456-505 aa PF01535 PPR 460-488 aa PF01535 PPR 495-524 aa PF01535 PPR 531-557 aa PF01535 PPR 568-594 aa PF01535 PPR 600-628 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806332.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 103 154 2.8e-81 268.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057806332.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 144 172 8e-83 267.8 PPR repeat
XP_057806332.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 164 222 2.8e-81 268.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057806332.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 176 224 2.1e-97 319.8 PPR repeat family
XP_057806332.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 179 207 8e-83 267.8 PPR repeat
XP_057806332.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 193 333 1.7e-34 119.8 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057806332.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 214 244 8e-83 267.8 PPR repeat
XP_057806332.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 234 295 2.8e-81 268.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057806332.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 243 274 5.3e-73 241.1 PPR repeat
XP_057806332.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 246 293 2.1e-97 319.8 PPR repeat family
XP_057806332.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 249 279 8e-83 267.8 PPR repeat
XP_057806332.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 285 311 8e-83 267.8 PPR repeat
XP_057806332.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 305 365 2.8e-81 268.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057806332.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 316 363 2.1e-97 319.8 PPR repeat family
XP_057806332.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 319 405 4.3e-41 140.7 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057806332.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 320 348 8e-83 267.8 PPR repeat
XP_057806332.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 334 461 1.7e-34 119.8 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057806332.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 355 380 8e-83 267.8 PPR repeat
XP_057806332.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 358 397 2.1e-97 319.8 PPR repeat family
XP_057806332.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 375 435 2.8e-81 268.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057806332.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 390 419 8e-83 267.8 PPR repeat
XP_057806332.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 410 470 2.8e-81 268.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057806332.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 425 454 8e-83 267.8 PPR repeat
XP_057806332.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 433 553 4.3e-41 140.7 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057806332.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 444 503 2.8e-81 268.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057806332.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 456 505 2.1e-97 319.8 PPR repeat family
XP_057806332.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 460 488 8e-83 267.8 PPR repeat
XP_057806332.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 495 524 8e-83 267.8 PPR repeat
XP_057806332.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 531 557 8e-83 267.8 PPR repeat
XP_057806332.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 568 594 8e-83 267.8 PPR repeat
XP_057806332.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 600 628 8e-83 267.8 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950349.1
TAAAAGCTACGTGTCATACATCTTCTTTCTCTTTCCTTCTCTACCCAAACCGCTAAAACCCCCAAAACTCCATAGACGGAGCTTGTCTGAGCTCTCTCAAATGACGAAATTGGCCCTCTCCTACCAACAAATTCTCTCCCCTATCCTCACCCCCACCTCCACCTCCCCCTCCTACCTCCAGTTCCCCGCCAAATTCCACCGCCACCTACACCACCACCACATCCCCTTCCTCCGCCGCGGCCTCGCCGTTGTCGCCAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021236
ATGACGAAATTGGCCCTCTCCTACCAACAAATTCTCTCCCCTATCCTCACCCCCACCTCCACCTCCCCCTCCTACCTCCAGTTCCCCGCCAAATTCCACCGCCACCTACACCACCACCACATCCCCTTCCTCCGCCGCGGCCTCGCCGTTGTCGCCAAAGCGAAGAGCAGAGAGCTCATCCTTGGCAACCCTAGCGTCACCGTCGAGAAAGGCAAGTACAGCTACGACGTCGAAACCCTAATCAACAAGCTCTCCAGCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806332.1
MTKLALSYQQILSPILTPTSTSPSYLQFPAKFHRHLHHHHIPFLRRGLAVVAKAKSRELILGNPSVTVEKGKYSYDVETLINKLSSLPPRGSIARCLDTFKNKLSLSDFSHVFKEFAQRGDWQRSLRLFKYMQRQIWCKPNEHIYSIIIGILGREGLLDKSADIFDEMVEHSVPRTVLSYTAIINAYGRNGQYEVALELLDRMKKERILPNILTYNTVINSCARGGYSWEGLLSLFGEMRHEGIQPDLVTYNTLLSACSS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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