Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002083`

染色体: Chr04 坐标: 33587826-33590793 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002083`
名称	SmilChr04G002083
描述	formin-like protein 8
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	33587826 - 33590793 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021251`
GeneID	`131021251`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021251`
原始查询	`SmilChr04G002083`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	formin-like protein 8
产物	formin-like protein 8
Arabidopsis	`AT1G70140` (FH8) formin 8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843350] identity=43.1; qcov=1.11; evalue=1.99e-163; confidence=medium
Rice	`Os03g0204100` (OsFH8) - identity=38; qcov=0.737; evalue=4.98e-93; confidence=medium
GO	GO:0030036 (actin cytoskeleton organization); GO:0045010 (actin nucleation); GO:0051015 (actin filament binding)
KEGG	-
Pfam	PF02181 (FH2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021251

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057806343.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057806343.1`
3	Cytoskeleton	细胞骨架	0.20000	`XP_057806343.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806343.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806343.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:33587993`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B120,B62,B67
`Chr4:33588180`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A22,B76,C37,C49,C83
`Chr4:33588316`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B52
`Chr4:33588444`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:33588943`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B103,B59,D11
`Chr4:33589090`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B138,B31,C85
`Chr4:33589092`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B103,B59,B91,D11
`Chr4:33589513`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B103,B59,B91
`Chr4:33589682`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A11,C1,C72
`Chr4:33589804`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A11,C1,C72
`Chr4:33589860`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr4:33589991`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806343.1

635 aa

318

635

FH2

PF02181 FH2 200-580 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806343.1`	Pfam	`PF02181`	FH2	Family	200	580	2.7e-93	313.8	Formin Homology 2 Domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950360.1
GATCACACACGAAGTGTCACTTAAAACCATCCACCACATGTCTTGTTTCAATCTAGAGTTATATTTTTGTCAAATCTACATTCCACATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCTACATTCCACAAATGTGCAACATCATTTACTATAAATATACAACATCATTACTATAAATATAAAATGCATAATTACTATAGGAGATCGAAACACGATGTGGGGCCGACAAGGCAATGTGATACAAATGCTGCAACCAAATAAGCCAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021251
ATGGCCGCACACAGCCGGACAATAATCCAAATTGTGGCTATCACGGCCACGGTCAGCTTGATCGTGACCGGAATAATATTCTACCTCATCCACCGGCTCAGGCTGGCTCGACGGGAGAAACACGGCGGAAAACCGGATGCATCCAGTTTCCGCCGAGAGTTTCCAACGGCCGCACCACGGGTGGAGTTCAGACAACGTGGTGCGGCCCTGAAGGGAGTGATAGTCGACGAGGAAGGAAAGGACGTGTTGTACCTTAGAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806343.1
MAAHSRTIIQIVAITATVSLIVTGIIFYLIHRLRLARREKHGGKPDASSFRREFPTAAPRVEFRQRGAALKGVIVDEEGKDVLYLRKLESGCFSKVWYNPMVEEEEEVKRMNIKEEKPKPIQQLPLLQHPRNHPPSPPPTPSHQAPLPPPPPPPPLPSRPAPPPLPPPQPAKRLIPSHKPPIAPRIQENRESRVEEKRVHTAKLKPLHWDKVTANTDHSMVWNEINDGSLRFDDELMEALFGYTNTDQKSNGKGKNSSSI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器