Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002088`

染色体: Chr04 坐标: 33650235-33654137 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002088`
名称	SmilChr04G002088
描述	uncharacterized SmilChr04G002088
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	33650235 - 33654137 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021253`
GeneID	`131021253`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021253`
原始查询	`SmilChr04G002088`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	serine/arginine-rich splicing factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823967]; symbol=AT3G48120; hit=AT3G48120; species=arabidopsis; confidence=low
产物	serine/arginine-rich splicing factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823967]; symbol=AT3G48120; hit=AT3G48120; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G48120` (AT3G48120) serine/arginine-rich splicing factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823967] identity=56.8; qcov=0.432; evalue=1.11e-50; confidence=low
Rice	`Os01g0687600` - identity=52.2; qcov=0.448; evalue=9.29e-46; confidence=low
GO	GO:0000380 (alternative mRNA splicing, via spliceosome); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021253

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057806346.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057806347.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806346.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806346.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057806346.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:33650391`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr4:33650645`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B138
`Chr4:33650750`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,D11
`Chr4:33650790`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr4:33650813`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,B59
`Chr4:33650830`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B56
`Chr4:33650838`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B56
`Chr4:33650838`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B56
`Chr4:33650839`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,B59,C16,C48
`Chr4:33650862`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B56,C16,C48
`Chr4:33650868`	`T`	`TAG`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B56,C16
`Chr4:33650868`	`T`	`TAG`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B56,C16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950364.1
AAACGTTACTCCATTTCGATACTGCGATAAGCTGCTAAAATCACCCCCAAAACAGTTCGGCTATTTCACCGATACCGGGAAATTCCCGCCGGCGCTGGAAATGGAGGACGAAAAGCTGGCTGCGTACTACGACGACCTGACTCGTAGAGGTGGCGGCGCCGCCCGATTCAAGCAGGGTCTCGGCTTCTCTTCCAACAATTCGTCCACAAACGATGACGTTCCGTCCAGGGGCTCCGCCCTCCCCGCCGCCTCATCTTTCC...

XM_057950363.1
CGTTACTCCATTTCGATACTGCGATAAGCTGCTAAAATCACCCCCAAAACAGTTCGGCTATTTCACCGATACCGGGAAATTCCCGCCGGCGCTGGAAATGGAGGACGAAAAGCTGGCTGCGTACTACGACGACCTGACTCGTAGAGGTGGCGGCGCCGCCCGATTCAAGCAGGGTCTCGGCTTCTCTTCCAACAATTCGTCCACAAACGATGACGTTCCGTCCAGGGGCTCCGCCCTCCCCGCCGCCTCATCTTTCCTCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131021253
ATGGAGGACGAAAAGCTGGCTGCGTACTACGACGACCTGACTCGTAGAGGTGGCGGCGCCGCCCGATTCAAGCAGGGTCTCGGCTTCTCTTCCAACAATTCGTCCACAAACGATGACGTTCCGTCCAGGGGCTCCGCCCTCCCCGCCGCCTCATCTTTCCTCAGTAGCTTCGTCAGAGAATCCAGCCCTTCCAAAACTTCCGACTTCGGAAAGCAAGCGCAGCTTCAGTCAATCCAAAACAAGCTCAGCAAAAAACCTGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057806346.1
MEDEKLAAYYDDLTRRGGGAARFKQGLGFSSNNSSTNDDVPSRGSALPAASSFLSSFVRESSPSKTSDFGKQAQLQSIQNKLSKKPEARSRSPSPSRNSIRSPSRDRIRDKHSNRLSRSRSRSWSPGRDRIRDKHSKRRTRSRSPSRSRDTRSRRRSSSREDGSRRRYRSRSRSREKNRERSKRQGSPEERRLDKGKKREAVRGGGRTDFAKLIDGYDSMTPAERVKAKMKLQLSKTVENDETIGKGSGWERFEFDKDAP...

XP_057806347.1
MEDEKLAAYYDDLTRRGGGAARFKQGLGFSSNNSSTNDDVPSRGSALPAASSFLSSFVRESSPSKTSDFGKQAQLQSIQNKLSKKPEARSRSPSPSRNSIRSPSRDRIRDKHSNRLSRSRSRSWSPGRDRIRDKHSKRRTRSRSPSRSRDTRSRRRSSSREDGSRRRYRSRSRSREKNRERSKRQGSPEERRLDKGKKREAVRGGGRTDFAKLIDGYDSMTPAERVKAKMKLQLSKTVENDETIGKGSGWERFEFDKDAP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器