当前解析结果
SmilChr04G002092| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002092 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002092 |
| 描述 | probable ubiquitin-conjugating enzyme E2 24 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 33738879 - 33739589 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131023331 |
|---|---|
| GeneID | 131023331 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023331 |
| 原始查询 | SmilChr04G002092 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable ubiquitin-conjugating enzyme E2 24 |
| 产物 | probable ubiquitin-conjugating enzyme E2 24 |
| Arabidopsis | AT2G16920 (UBC23)ubiquitin-conjugating enzyme 23 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816195] identity=40.2; qcov=0.843; evalue=2.07e-37; confidence=medium |
| Rice | Os05g0557600 (OsUBC41)- identity=42.1; qcov=0.856; evalue=1.92e-44; confidence=medium |
| GO | GO:0061631 (ubiquitin conjugating enzyme activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00179 (UQ_con) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023331 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057808858.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057808858.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808858.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808858.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057808858.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:33738893 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:33738938 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C77 |
Chr4:33738956 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B22,B41,D7 |
Chr4:33739101 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B26 |
Chr4:33739101 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B26 |
Chr4:33739103 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A11,C1,C72 |
Chr4:33739107 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B103,B138,B59,B91,C76 |
Chr4:33739118 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A11,C1,C72 |
Chr4:33739175 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B22 |
Chr4:33739175 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B22 |
Chr4:33739227 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B76,C82 |
Chr4:33739245 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B53,B93,C83 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808858.1PF00179
UQ_con 11-103 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808858.1 |
Pfam | PF00179 |
UQ_con | Domain | 11 | 103 | 1.6e-14 | 54.4 | Ubiquitin-conjugating enzyme |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。