当前解析结果
SmilChr04G002100| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002100 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002100 |
| 描述 | probable carboxylesterase 15 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 33892421 - 33892842 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023333 |
|---|---|
| GeneID | 131023333 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023333 |
| 原始查询 | SmilChr04G002100 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable carboxylesterase 15 |
| 产物 | probable carboxylesterase 15 |
| Arabidopsis | AT5G06570 (AT5G06570)alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830545] identity=45; qcov=1.2; evalue=1.89e-30; confidence=medium |
| Rice | Os07g0162900 (OsCDAP3)- identity=43.2; qcov=1.18; evalue=1.78e-27; confidence=medium |
| GO | GO:0016787 (hydrolase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07859 (Abhydrolase_3); PF20434 (BD-FAE) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023333 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057808859.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057808859.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057808859.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057808859.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808859.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:33892455 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B24 |
Chr4:33892492 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C59 |
Chr4:33892530 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C39 |
Chr4:33892543 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C23,C44 |
Chr4:33892565 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B134,B135 |
Chr4:33892566 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B73,C4,C52,D3 |
Chr4:33892568 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr4:33892577 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B82 |
Chr4:33892579 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B88,C43 |
Chr4:33892580 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A16,B4,B91,B94 |
Chr4:33892598 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 7 | B1,B10,B8,B88,C30,C43,C64 |
Chr4:33892611 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808859.1PF07859
Abhydrolase_3 36-115 aa
PF20434
BD-FAE 38-111 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808859.1 |
Pfam | PF07859 |
Abhydrolase_3 | Domain | 36 | 115 | 4.5e-24 | 86.1 | alpha/beta hydrolase fold |
XP_057808859.1 |
Pfam | PF20434 |
BD-FAE | Domain | 38 | 111 | 1.4e-06 | 28.7 | BD-FAE |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。