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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002104

染色体: Chr04 坐标: 33976415-33981921 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002104
名称SmilChr04G002104
描述altered inheritance rate of mitochondria protein 25-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向33976415 - 33981921 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021269
GeneID131021269
locus_tag-
NCBI NameLOC131021269
原始查询SmilChr04G002104

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述altered inheritance rate of mitochondria protein 25-like
产物altered inheritance rate of mitochondria protein 25-like
ArabidopsisAT2G04940 (AT2G04940)
scramblase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815041]
identity=65.5; qcov=0.818; evalue=7.04e-153; confidence=high
RiceOs04g0599400
-
identity=70.7; qcov=0.579; evalue=7.16e-120; confidence=medium
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0017121 (plasma membrane phospholipid scrambling); GO:0017128 (phospholipid scramblase activity)
KEGG-
PfamPF03803 (Scramblase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021269

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057806368.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.60000 XP_057806368.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.40000 XP_057806368.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057806368.1
5 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057806368.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:33977603 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B58
Chr4:33977664 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,C43,D10
Chr4:33977728 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr4:33977811 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B26,B41,C11,C48,C69
Chr4:33977965 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806368.1
401 aa
N
1
200
401
Scramblase
C
PF03803 Scramblase 162-388 aa
XP_057806369.1
401 aa
N
1
200
401
Scramblase
C
PF03803 Scramblase 162-388 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806368.1 Pfam PF03803 Scramblase Domain 162 388 4e-63 213.4 Scramblase
XP_057806369.1 Pfam PF03803 Scramblase Domain 162 388 4e-63 213.4 Scramblase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950385.1
AACATACATGTACAACACTACAATTTTAGGGTTAGAATGCGGTGTAATTCCTACGGCTGCTCTCCTTAATTTTATTTGTTCATCAGCAACACGCCGCTTCTCCATTCATCCTTCTTGTTTCTTTTGTTATTTCCTCAACCACACTAATCCTTAATACCAATCTCTTTTCGCCGCCTTTGCTGCCGTCGTTGAATGGAGTTGCAATCTCCCAACGGACATGAGGATTCCCTTGTCTGCAATTAGAGGATCGCGCTCTCTGC...
XM_057950386.1
ACATGTACAACACTACAATTTTAGGGTTAGAATGCGGTGTAATTCCTACGGCTGCTCTCCTTAATTTTATTTGTTCATCAGCAACACGCCGCTTCTCCATTCATCCTTCTTGTTTCTTTTGTTATTTCCTCAACCACACTAATCCTTAATACCAATCTCTTTTCGCCGCCTTTGCTGCCGTCGTTGAATGGAGTTGCAATCTCCCAACGGACATGAGGATTCCCTTGTCTGCAATTAGAGGATCGCGCTCTCTGCCGGCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131021269
ATGGACTGGACGAAGGTGTGGGGCTGTGTTAAGGACCACTCTAGGTGCATCAGACCACTATTTCGTATAGTGAGGGATCAGAAAGTAATTCTATCTGTTGGAAAGAGGTTCTATTCTTCACAGGAACAAGGACGATATCCTTTGGAAAGAAAGACATCATGGATGTGCAAGCTGCCATGTGTTCTAGTGGACACTGTGTTTGTGAGTAAAAATACATCACTGCGGTGCGTGCATAGCATGAAAAATGATCCGGACTTGAG...
LOC131021269
ATGGACTGGACGAAGGTGTGGGGCTGTGTTAAGGACCACTCTAGGTGCATCAGACCACTATTTCGTATAGTGAGGGATCAGAAAGTAATTCTATCTGTTGGAAAGAGGTTCTATTCTTCACAGGAACAAGGACGATATCCTTTGGAAAGAAAGACATCATGGATGTGCAAGCTGCCATGTGTTCTAGTGGACACTGTGTTTGTGAGTAAAAATACATCACTGCGGTGCGTGCATAGCATGAAAAATGATCCGGACTTGAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057806368.1
MDWTKVWGCVKDHSRCIRPLFRIVRDQKVILSVGKRFYSSQEQGRYPLERKTSWMCKLPCVLVDTVFVSKNTSLRCVHSMKNDPDLSRDFFVQLWLADKKETGPTAKRRHKVLKFDNSGETVIDGRTIPGLIQRMLSGALDEKSYGKKKSGLKQPPTSQSITGTLEPMSLEESKVAPLLARSNLLITRDIEWANLVLGFEQENRYAMVDVCYPQAPVGFIREQSNVIARQLLRLRRPFIAQITDGSGNELFRVRRPFWWI...
XP_057806369.1
MDWTKVWGCVKDHSRCIRPLFRIVRDQKVILSVGKRFYSSQEQGRYPLERKTSWMCKLPCVLVDTVFVSKNTSLRCVHSMKNDPDLSRDFFVQLWLADKKETGPTAKRRHKVLKFDNSGETVIDGRTIPGLIQRMLSGALDEKSYGKKKSGLKQPPTSQSITGTLEPMSLEESKVAPLLARSNLLITRDIEWANLVLGFEQENRYAMVDVCYPQAPVGFIREQSNVIARQLLRLRRPFIAQITDGSGNELFRVRRPFWWI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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