当前解析结果
SmilChr04G002104| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002104 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002104 |
| 描述 | altered inheritance rate of mitochondria protein 25-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 33976415 - 33981921 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131021269 |
|---|---|
| GeneID | 131021269 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021269 |
| 原始查询 | SmilChr04G002104 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | altered inheritance rate of mitochondria protein 25-like |
| 产物 | altered inheritance rate of mitochondria protein 25-like |
| Arabidopsis | AT2G04940 (AT2G04940)scramblase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815041] identity=65.5; qcov=0.818; evalue=7.04e-153; confidence=high |
| Rice | Os04g0599400- identity=70.7; qcov=0.579; evalue=7.16e-120; confidence=medium |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane); GO:0017121 (plasma membrane phospholipid scrambling); GO:0017128 (phospholipid scramblase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03803 (Scramblase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021269 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057806368.1 |
| 2 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 0.60000 | XP_057806368.1 |
| 3 | Mitochondrion inner membrane | 线粒体内膜 | 0.40000 | XP_057806368.1 |
| 4 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.20000 | XP_057806368.1 |
| 5 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.20000 | XP_057806368.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:33977603 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B58 |
Chr4:33977664 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B13,C43,D10 |
Chr4:33977728 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B31 |
Chr4:33977811 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B26,B41,C11,C48,C69 |
Chr4:33977965 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806368.1PF03803
Scramblase 162-388 aa
XP_057806369.1PF03803
Scramblase 162-388 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806368.1 |
Pfam | PF03803 |
Scramblase | Domain | 162 | 388 | 4e-63 | 213.4 | Scramblase |
XP_057806369.1 |
Pfam | PF03803 |
Scramblase | Domain | 162 | 388 | 4e-63 | 213.4 | Scramblase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。