Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002107`

染色体: Chr04 坐标: 34013504-34014238 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002107`
名称	SmilChr04G002107
描述	uncharacterized mitochondrial protein AtMg00310-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	34013504 - 34014238 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023334`
GeneID	`131023334`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023334`
原始查询	`SmilChr04G002107`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=ATMG00310; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	hit=ATMG00310; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`ATMG00310` - identity=37.8; qcov=0.586; evalue=2.05e-35; confidence=medium
Rice	`Os01g0714225` - identity=39.5; qcov=0.467; evalue=2.52e-30; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023334

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057808861.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057808861.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057808861.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808861.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808861.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:34013507`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	16	B1,B114,B127,B16,B18,B21,B25,B37,B53,B69,C27,C36,C47,C73,C8,D7
`Chr4:34013526`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:34013552`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:34013580`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,C42,D6
`Chr4:34013582`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,B128,B2,B47
`Chr4:34013629`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	7	A10,B112,B136,B40,B66,C10,C55
`Chr4:34013642`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr4:34013643`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,C42,D6
`Chr4:34013658`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	B50,B54,B59,B86,C23,C35
`Chr4:34013773`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	D10
`Chr4:34013773`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	D10
`Chr4:34013798`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,C42,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952878.1
ATGGAGGGGCCTATTTTGCGAACCCTAGGCGTTAAACCCGGGGAAGGAATCCAGAGGTATCTAGGGCTGCCCTACTTTTCCCTTAGAAAGAAAAGATTGCAGTTTGAATTTTTGAAAGACAGGATGGAGAAAAAGATTCAAGTGTGGAATCAAAGAGAATTCTCGGCGGGTGGTAAGGAAGTTCTTATTAAGTCGGTGGTCCAGGCGGTGCCAACCTTTGCTATGCAATGCTTCCGCATCCCGGATTCTATTTGTGAGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023334
ATGGAGGGGCCTATTTTGCGAACCCTAGGCGTTAAACCCGGGGAAGGAATCCAGAGGTATCTAGGGCTGCCCTACTTTTCCCTTAGAAAGAAAAGATTGCAGTTTGAATTTTTGAAAGACAGGATGGAGAAAAAGATTCAAGTGTGGAATCAAAGAGAATTCTCGGCGGGTGGTAAGGAAGTTCTTATTAAGTCGGTGGTCCAGGCGGTGCCAACCTTTGCTATGCAATGCTTCCGCATCCCGGATTCTATTTGTGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808861.1
MEGPILRTLGVKPGEGIQRYLGLPYFSLRKKRLQFEFLKDRMEKKIQVWNQREFSAGGKEVLIKSVVQAVPTFAMQCFRIPDSICEDMNRICAAFWWGEKEGERRMHWARLERMCEPKEKGGMGFRNLKIFNKALVAQQAWRMMTKPNLLVSRVFRAKYFKNGDLMTAVVPSTSSYVWRSIAWGHSLLREGMVWSVGNGRNIKAMKDGWVKGAQSEVHGRADGDSAITVEELIDEHGGWNLTKN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器