Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002114

染色体: Chr04 坐标: 34130679-34133591 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002114
名称SmilChr04G002114
描述ent-kaurenoic acid oxidase 2-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向34130679 - 34133591 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021277
GeneID131021277
locus_tag-
NCBI NameLOC131021277
原始查询SmilChr04G002114

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ent-kaurenoic acid oxidase 2-like
产物ent-kaurenoic acid oxidase 2-like
ArabidopsisAT2G32440 (KAO2)
ent-kaurenoic acid hydroxylase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817805]
identity=35; qcov=1.01; evalue=9.03e-93; confidence=medium
RiceOs10g0378000
-
identity=54.5; qcov=1.02; evalue=5.62e-177; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0007275 (multicellular organism development); GO:0010268 (brassinosteroid homeostasis); GO:0016125 (sterol metabolic process); GO:0016132 (brassinosteroid biosynthetic process); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021277

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057806376.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057806376.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806376.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806376.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806376.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:34131118 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 4 B50,B54,C23,C35
Chr4:34131118 GA G 1bp_deletion CDS_variant 4 B50,B54,C23,C35
Chr4:34131305 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr4:34131311 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:34131704 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr4:34131745 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,B46,B75
Chr4:34131754 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,C85
Chr4:34131885 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B18,D7
Chr4:34132115 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr4:34132338 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15
Chr4:34132433 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr4:34132556 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B18,B69,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806376.1
479 aa
N
1
240
479
p450
C
PF00067 p450 43-455 aa
XP_057806377.1
434 aa
N
1
217
434
p450
C
PF00067 p450 18-410 aa
XP_057806378.1
434 aa
N
1
217
434
p450
C
PF00067 p450 18-410 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806376.1 Pfam PF00067 p450 Domain 43 455 5.7e-55 187.6 Cytochrome P450
XP_057806377.1 Pfam PF00067 p450 Domain 18 410 8.6e-55 187.0 Cytochrome P450
XP_057806378.1 Pfam PF00067 p450 Domain 18 410 8.6e-55 187.0 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950394.1
ATAGCCTAAATATCACTTTAAGCTTAAAATTAATTTCACACTATTAGTATTAGGCTCATATTGTGCATGCTTTTTAAAGAATGTCAATTTTTCATAAATTAACAACAAATAAAGAAATCTTAAGATCGCTTTACTGTGAACTTAAACTCAAATCATTTGAAAAGTAGATGATGATTCCAAGAAGAAGCATTTCGCACGTGGCATGAACTCATTCGCTATGAACTCGAGTTCCAATTAACAAGTTATGTCTTGAGCTGAAA...
XM_057950395.1
TTTCACACTATTAGTATTAGGCTCATATTGTGCATGCTTTTTAAAGAATGTCAATTTTTCATAAATTAACAACAAATAAAGAAATCTTAAGATCGCTTTACTGTGAACTTAAACTCAAATCATTTGAAAAGTAGATGATGATTCCAAGAAGAAGCATTTCGCACGTGGCATGAACTCATTCGCTATGAACTCGAGTTCCAATTAACAAGTTATGTCTTGAGCTGAAATTGTTCGACGAAATGCCAAGGTAGAGCAAGTTT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131021277
ATGAACATGACTGGTGCAGGATTTTGGGTGGCAGTGGTGGTGCCGTTAGCAGCGCTGTTGTGGTGGTGGAATGACTATTGGTATGCTCTGCCGTTCCTCCTCCGCCGCGGCAGCTCTAAGCTCCCTCCAGGCTACATGGGGTTGCCGTTTCTTGGCGAGATGGTGGCATTTCTTTGGTACTTCAAGGTTCTTGGCCGCCCCGACGACTTCATCAATGCTAAACGGAGCAAATATGGTGATGGAGTAGGACTGTATAGAAC...
LOC131021277
ATGGGGTTGCCGTTTCTTGGCGAGATGGTGGCATTTCTTTGGTACTTCAAGGTTCTTGGCCGCCCCGACGACTTCATCAATGCTAAACGGAGCAAATATGGTGATGGAGTAGGACTGTATAGAACACACCTCTTGGGAGAACCGATGATAATAGTTTGCACCCCATCTGCCAACAAGTTCGTGCTGCAGTCGGAGTCAAGCTTTGCGCTCAAGTGGGTCTCCGATGAACTAGTTGGGAAAACGTCGTTGGTAGCCGTGGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057806376.1
MNMTGAGFWVAVVVPLAALLWWWNDYWYALPFLLRRGSSKLPPGYMGLPFLGEMVAFLWYFKVLGRPDDFINAKRSKYGDGVGLYRTHLLGEPMIIVCTPSANKFVLQSESSFALKWVSDELVGKTSLVAVEGDSHTRVRGLVVRAINQPNALRKITLMVQPRVVASLRSWSQRGRITAYNEAKKLIFANTAKYFASFETDRVLDTLDDLFKGVLIGFRAYPLKFPGTAFHHALKCRRKAEAIFREEMETRKKCGASVTK...
XP_057806377.1
MGLPFLGEMVAFLWYFKVLGRPDDFINAKRSKYGDGVGLYRTHLLGEPMIIVCTPSANKFVLQSESSFALKWVSDELVGKTSLVAVEGDSHTRVRGLVVRAINQPNALRKITLMVQPRVVASLRSWSQRGRITAYNEAKKLIFANTAKYFASFETDRVLDTLDDLFKGVLIGFRAYPLKFPGTAFHHALKCRRKAEAIFREEMETRKKCGASVTKNDLMESLMQMEGEDGKRLSDVEVIDNIVSLVVAGYISTSFSVMWA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器