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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002117`

染色体: Chr04 坐标: 34161536-34163170 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002117`
名称	SmilChr04G002117
描述	uncharacterized SmilChr04G002117
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	34161536 - 34163170 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023340`
GeneID	`131023340`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023340`
原始查询	`SmilChr04G002117`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os11g0577650; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os11g0577650; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G41980` (AT5G41980) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203] identity=34.6; qcov=0.639; evalue=4.88e-44; confidence=low
Rice	`Os11g0577650` - identity=49.5; qcov=0.553; evalue=1.55e-65; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023340

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808865.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057808865.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057808865.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808865.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808865.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:34161646`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B36,C61,D2
`Chr4:34161646`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B36,C61,D2
`Chr4:34161652`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B36,C61,D2
`Chr4:34161652`	`C`	`CG`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B36,C61,D2
`Chr4:34161823`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A1,C23
`Chr4:34161856`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr4:34162052`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr4:34162102`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B18,B69,D7
`Chr4:34162151`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr4:34162156`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr4:34162291`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B32
`Chr4:34162302`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808865.1

380 aa

190

380

DUF8040

DDE_Tnp_4

PF26138 DUF8040 66-149 aa PF13359 DDE_Tnp_4 182-303 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808865.1`	Pfam	`PF26138`	DUF8040	Domain	66	149	1.8e-22	79.8	Domain of unknown function (DUF8040)
`XP_057808865.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	182	303	1.4e-09	38.5	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952882.1
GGCTCTGTGTAGTGTGTGTTCGTCAAAATGCAATCACAATGTCGTTTAAGAGCATACATGTATTCCATGGTTGAAGAAATACTGCTTAATCTTATGTCGCAACTGGCCGTAGTTGTCCATCATGTAGCCACAGTTAGGTCCCGCAAGAGGAAACGTAGTTCAACGGTTGAACCCTTTGCTTTGATACAGCGTATGCCTGATCAAATTAAGCACTTAGATAGGATGATAAATTTTAGTGATGTTGACTGCATAGTTAATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023340
ATGCAATCACAATGTCGTTTAAGAGCATACATGTATTCCATGGTTGAAGAAATACTGCTTAATCTTATGTCGCAACTGGCCGTAGTTGTCCATCATGTAGCCACAGTTAGGTCCCGCAAGAGGAAACGTAGTTCAACGGTTGAACCCTTTGCTTTGATACAGCGTATGCCTGATCAAATTAAGCACTTAGATAGGATGATAAATTTTAGTGATGTTGACTGCATAGTTAATTTAAGAATGGATCGCAACACATTCGGTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808865.1
MQSQCRLRAYMYSMVEEILLNLMSQLAVVVHHVATVRSRKRKRSSTVEPFALIQRMPDQIKHLDRMINFSDVDCIVNLRMDRNTFGRLCQLLRQLAGMRNGRFVTVEEQVAMFLSVLAHHKKNRVVRFNFWRSGQTVSHYVHVVLKAILSLHVLLLVKPKPVDEECIDSRWGWFKGCLGALDDTYIDVMVPNKDKPRYRTQKGQIATNTLAVCDQHLQFVYVLPGWKGSAADSRVLRDALTRVHGFRVPKGNYYLCDNGY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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