当前解析结果
SmilChr04G002133| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002133 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002133 |
| 描述 | suppressor protein SRP40-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 34318131 - 34318768 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131023343 |
|---|---|
| GeneID | 131023343 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023343 |
| 原始查询 | SmilChr04G002133 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | suppressor protein SRP40-like |
| 产物 | suppressor protein SRP40-like |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023343 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057808869.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057808869.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808869.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808869.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057808869.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:34318130 |
AAT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B121,B139,B21,C22,C44,C9 |
Chr4:34318133 |
G |
GCA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 6 | B121,B139,B21,C22,C44,C9 |
Chr4:34318143 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B46,B98,C11,C69,C80 |
Chr4:34318147 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,B127,C22,C87 |
Chr4:34318163 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A7,B30,B35 |
Chr4:34318179 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B120,C22,D10 |
Chr4:34318183 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B72,C34,C40 |
Chr4:34318202 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A7,B103,B63 |
Chr4:34318265 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr4:34318277 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr4:34318278 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B25 |
Chr4:34318296 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 23 | A18,A19,A2,A8,B109,B118,B120,B122,B140,B3,B41,B62,B65,B67,B74,B91,B99,C11,C4,C45,C69,C79,C82 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。