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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002133

染色体: Chr04 坐标: 34318131-34318768 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002133
名称SmilChr04G002133
描述suppressor protein SRP40-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向34318131 - 34318768 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023343
GeneID131023343
locus_tag-
NCBI NameLOC131023343
原始查询SmilChr04G002133

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述suppressor protein SRP40-like
产物suppressor protein SRP40-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023343

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808869.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057808869.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808869.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808869.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808869.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:34318130 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 6 B121,B139,B21,C22,C44,C9
Chr4:34318133 G GCA 2bp_insertion frameshift_variant 6 B121,B139,B21,C22,C44,C9
Chr4:34318143 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B46,B98,C11,C69,C80
Chr4:34318147 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B127,C22,C87
Chr4:34318163 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B30,B35
Chr4:34318179 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,C22,D10
Chr4:34318183 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B72,C34,C40
Chr4:34318202 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B103,B63
Chr4:34318265 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr4:34318277 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr4:34318278 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B25
Chr4:34318296 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 23 A18,A19,A2,A8,B109,B118,B120,B122,B140,B3,B41,B62,B65,B67,B74,B91,B99,C11,C4,C45,C69,C79,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952886.1
ATGGCGCTGAAAGTTTCAGCAAAGGAAAGCAAGAAGCAGTCAAAGGAACCGACGAAACTCAAACCAGAAGACTTCTTCAGTACAGGAAGTTCCACAAATAACACTACAAAGAAAAAGAGAGACAGAGAGAGCAAGTCCAGATATTCCACTGATAGAAGCGGAGAAAAGAAATCATCCGCTACTGATCTAAAAGATGTGGAATGCTATGGATGCAAGAAGAATGGGCACTACAAGTCAGAATGCCCTGAATTGTCGCAGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023343
ATGGCGCTGAAAGTTTCAGCAAAGGAAAGCAAGAAGCAGTCAAAGGAACCGACGAAACTCAAACCAGAAGACTTCTTCAGTACAGGAAGTTCCACAAATAACACTACAAAGAAAAAGAGAGACAGAGAGAGCAAGTCCAGATATTCCACTGATAGAAGCGGAGAAAAGAAATCATCCGCTACTGATCTAAAAGATGTGGAATGCTATGGATGCAAGAAGAATGGGCACTACAAGTCAGAATGCCCTGAATTGTCGCAGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808869.1
MALKVSAKESKKQSKEPTKLKPEDFFSTGSSTNNTTKKKRDRESKSRYSTDRSGEKKSSATDLKDVECYGCKKNGHYKSECPELSQTERKEMKARRDRKYAKKKAMVADDARSSEYALESSAFNSTSSDDESQALMANDTKSVADNSYDNGMNGPEETTQNLEIAQSTRLKSMISS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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