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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002144

染色体: Chr04 坐标: 34456035-34467936 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002144
名称SmilChr04G002144
描述probable serine/threonine-protein kinase PBL18
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向34456035 - 34467936 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021302
GeneID131021302
locus_tag-
NCBI NameLOC131021302
原始查询SmilChr04G002144

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable serine/threonine-protein kinase PBL18
产物probable serine/threonine-protein kinase PBL18
ArabidopsisAT2G02800 (APK2B)
protein kinase 2B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814810]
identity=61.1; qcov=0.754; evalue=4.35e-144; confidence=high
RiceOs10g0405100 (OsRLCK299)
-
identity=62.1; qcov=0.761; evalue=7.83e-144; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021302

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057806413.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057806413.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806413.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806413.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806413.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:34456188 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr4:34456386 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr4:34456718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B26
Chr4:34456773 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:34456775 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr4:34456779 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr4:34456789 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr4:34456905 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B94,C30,C41,C56
Chr4:34456929 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr4:34456998 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C56
Chr4:34456999 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:34457318 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806413.1
426 aa
N
1
213
426
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 138-413 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 139-414 aa
XP_057806415.1
423 aa
N
1
212
423
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 135-410 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 136-411 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806413.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 138 413 2.4e-39 136.0 Protein kinase domain
XP_057806413.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 139 414 5.9e-42 144.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057806415.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 135 410 2.4e-39 136.0 Protein kinase domain
XP_057806415.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 136 411 5.8e-42 144.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950432.1
TTCCACAATTCTCTATGAAAAAGCATGTGAATTATTAAGACGAATTTTGTGGCCTGCACAAAATTCGTTCTCTATCATGCTCCCTTCTCCTAGCTTGGTCTGATACCCATTCTATCTCTCAAATTACACAGATCAAAGAGAAGGAGGAGACGAAATGGTAGAAATCACGACGACAAAATTATGATCACAAATTGATCAATAAATAATTTTGTTCTCGTCGAGAGGCGTTTGGCCTCATATTTATATATTAATTAATGGGC...
XM_057950430.1
TTCCACAATTCTCTATGAAAAAGCATGTGAATTATTAAGACGAATTTTGTGGCCTGCACAAAATTCGTTCTCTATCATGCTCCCTTCTCCTAGCTTGGTCTGATACCCATTCTATCTCTCAAATTACACAGATCAAAGAGAAGGAGGAGACGAAATGGTAGAAATCACGACGACAAAATTATGATCACAAATTGATCAATAAATAATTTTGTTCTCGTCGAGAGGCGTTTGGCCTCATATTTATATATTAATTAATGGGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131021302
ATGGGCAATTGCATTGATAAAACTAGGCTGTGCGTTTTGGCAACTCGTAATTTTAGAAAAGGCTCTCATCGAGAACATATTCACGGCCCAAAAAATGATGGTGTTGAACGTGATCATAATGTTATAGCTCCTCATATTCATCGACCTCCACCTTCAGCAAAGAATGTGAGACAAAGCCATCCTTTACCGACTCCAAATCACTCATCACAGACAGCCCTCCACCATGAGAGCAAGCCAAATACGTTGCCATTGCCTAAGCA...
LOC131021302
ATGGGCAATTGCATTGATAAAACTAGGCTGTGCGTTTTGGCAACTCGTAATTTTAGAAAAGGCTCTCATCGAGAACATATTCACGGCCCAAAAAATGATGGTGTTGAACGTGATCATAATGTTATAGCTCCTCATATTCATCGACCTCCACCTTCAGTTCTTGCAGCAAAGAATGTGAGACAAAGCCATCCTTTACCGACTCCAAATCACTCATCACAGACAGCCCTCCACCATGAGAGCAAGCCAAATACGTTGCCATT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057806413.1
MGNCIDKTRLCVLATRNFRKGSHREHIHGPKNDGVERDHNVIAPHIHRPPPSVLAAKNVRQSHPLPTPNHSSQTALHHESKPNTLPLPKHENPNIQDEASSTSILPMPTSESEILSAPNLKSFSLDQLSRATSDFCEDSLLGEGGFGCVFKGWLDEKTLNATNPSSGLPVAIKKLIHSGFQGHNEWLSEVNYLGRLHHPHLVKLIGYCLEGEDRILVYEFMPGGCLEDLLFSSRNCPALSWERRVQVAVGAARGLSFLHE...
XP_057806415.1
MGNCIDKTRLCVLATRNFRKGSHREHIHGPKNDGVERDHNVIAPHIHRPPPSAKNVRQSHPLPTPNHSSQTALHHESKPNTLPLPKHENPNIQDEASSTSILPMPTSESEILSAPNLKSFSLDQLSRATSDFCEDSLLGEGGFGCVFKGWLDEKTLNATNPSSGLPVAIKKLIHSGFQGHNEWLSEVNYLGRLHHPHLVKLIGYCLEGEDRILVYEFMPGGCLEDLLFSSRNCPALSWERRVQVAVGAARGLSFLHELES...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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