Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002172`

染色体: Chr04 坐标: 35108415-35114644 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002172`
名称	SmilChr04G002172
描述	RNA-binding KH domain-containing protein PEPPER
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	35108415 - 35114644 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021321`
GeneID	`131021321`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021321`
原始查询	`SmilChr04G002172`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA-binding KH domain-containing protein PEPPER
产物	RNA-binding KH domain-containing protein PEPPER
Arabidopsis	`AT4G26000` (PEP) RNA-binding KH domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828706] identity=53.6; qcov=0.989; evalue=1.4e-151; confidence=high
Rice	`Os10g0564000` - identity=56.5; qcov=0.821; evalue=1.31e-129; confidence=high
GO	GO:0003729 (mRNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0010468 (regulation of gene expression)
KEGG	-
Pfam	PF00013 (KH_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021321

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057806438.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057806438.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057806438.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057806438.1`
5	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057806438.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:35108703`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,B27,C43
`Chr4:35112057`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr4:35112196`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,D10
`Chr4:35112348`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B25
`Chr4:35112560`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B32
`Chr4:35112645`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B42,B43
`Chr4:35114282`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B18
`Chr4:35114291`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B38,C13
`Chr4:35114317`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B46,B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806438.1

453 aa

226

453

KH_1

PF00013 KH_1 70-126 aa PF00013 KH_1 160-226 aa PF00013 KH_1 333-396 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806438.1`	Pfam	`PF00013`	KH_1	Domain	70	126	8.2e-41	138.3	KH domain
`XP_057806438.1`	Pfam	`PF00013`	KH_1	Domain	160	226	8.2e-41	138.3	KH domain
`XP_057806438.1`	Pfam	`PF00013`	KH_1	Domain	333	396	8.2e-41	138.3	KH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950455.1
ATTTTCCTTTGAGGAAATAACTATATTTTCGAATTTATTTTCACCATCTTCTGTTTTCAGAGTTTCCCTGATAAAACCCTCGCGCCCTTACCTTTTCTCTTTTCACTTCTCTCTCTCCACACGCACACACATACACACATTCAATCAACAGACCATCCCACTGTATGGCCTCCTCTCAGACCCCGGCGGAAAACGCCGACATCCCCGACGTACAACAAGTGCCGGCTGAGCTTGCCGAGACCAAAGGGGAAGAAGATGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021321
ATGGCCTCCTCTCAGACCCCGGCGGAAAACGCCGACATCCCCGACGTACAACAAGTGCCGGCTGAGCTTGCCGAGACCAAAGGGGAAGAAGATGCTGAAACAGCCACGGTCGAAGCTCCAGTGACGGAGGCGACCGCGGTGGACGAGAAGGATAAATCTTTGGAGGAGATGAAGGCCAAGTGGCCGGGCTGGCCGGGATACTCCGTATTCCGGCTACTAGTGCCGGTGCTGAAAGTCGGCGGCATTATTGGGCGGAAGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806438.1
MASSQTPAENADIPDVQQVPAELAETKGEEDAETATVEAPVTEATAVDEKDKSLEEMKAKWPGWPGYSVFRLLVPVLKVGGIIGRKGDLIKKLVEETRARVRVLDGPITSPDRIVLISGKEEPEAALSPAMDAIIRIFKRVNGLPENDGDKATGAAFCSIRLLVASTQAISLIGKQGSLIKSIQETTGASVRVLSNDEVPTYASSQERVVELQGEAQKVLKALEAVVGHLRKFLVDQSVLPLFEKSHNAPATQERQVDAW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器