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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002184

染色体: Chr04 坐标: 35279997-35286523 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002184
名称SmilChr04G002184
描述uncharacterized SmilChr04G002184
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向35279997 - 35286523 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021335
GeneID131021335
locus_tag-
NCBI NameLOC131021335
原始查询SmilChr04G002184

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述Thioredoxin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835829]; symbol=AT5G57230; hit=AT5G57230; species=arabidopsis; confidence=high
产物Thioredoxin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835829]; symbol=AT5G57230; hit=AT5G57230; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G57230 (AT5G57230)
Thioredoxin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835829]
identity=75.3; qcov=1; evalue=4.89e-92; confidence=high
RiceOs06g0482200
-
identity=73.1; qcov=0.987; evalue=1.04e-87; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021335

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057806472.1
2 Endoplasmic reticulum lumen 内质网腔 0.60000 XP_057806473.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057806472.1
4 Melanosome Melanosome 0.20000 XP_057806473.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806472.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:35281802 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 18 B101,B113,B115,B128,B135,B26,B68,B75,B87,C15,C39,C40,C42,C61,C74,C85,C9,D2
Chr4:35281809 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B122,B62,B67
Chr4:35283545 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B30,B35,B55,C23
Chr4:35285302 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B25,C23
Chr4:35285302 C CT 1bp_insertion CDS_variant 2 B25,C23
Chr4:35285306 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B25,C23
Chr4:35285306 TA T 1bp_deletion CDS_variant 2 B25,C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950493.1
AAATCTAAGCCGTTGACACTTCTCCCCTCTCCATAGCTCGTCGACGCCGTCCGCCGCCGCCCTGCTCCGCGACTTCCGCTACCTCCTGCGCGACGTCGCTGCCCTCCGCAACCAGACAGTCCAGACTCCATTCAGCGACCAGCCGTCGCGTCGCTTCGCCGTCCATCCGCCGCCCGCAACTCACGCCGCTCGTCTGCCACTAATGGAGGAATCATCTCTGCTGAACAAGATGCTGCTTAATCTTCGCGCAACGTGCAAGT...
XM_057950490.1
GGGCTGCATTGACATCCCTAGTTGATTGCCCCAAATTCAAATCGCCTAACTAAACCCCTTAAAACCCCAATCGAGGCCGTCACCGCCACAACCGTTGCCGTCAACTTGTGAATTCCAGTTTGCCGCGGTCTTTCCTCTCTTTAGAATGGAGGAATCATCTCTGCTGAACAAGATGCTGCTTAATCTTCGCGCAACGTGCAAGTACTATACTGGCTATCCAAAGGATCTAGGACCATCAAGAGTTCTTCATTTTACTTCAG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131021335
ATGGTTCAGTTAATTCAGTTTTCTGTTCGGTTCAATTCGATCAGAATGGAGGAATCATCTCTGCTGAACAAGATGCTGCTTAATCTTCGCGCAACGTGCAAGTACTATACTGGCTATCCAAAGGATCTAGGACCATCAAGAGTTCTTCATTTTACTTCAGAGCGTGAATTTGTACAGCTTCTTCACCAAGGTCACCCTGTGGTTGTTGCATTTACCATAAAATGTAACCTCACCAAACGTCTTGATAGAGTACTGGAAGA...
LOC131021335
ATGGAGGAATCATCTCTGCTGAACAAGATGCTGCTTAATCTTCGCGCAACGTGCAAGTACTATACTGGCTATCCAAAGGATCTAGGACCATCAAGAGTTCTTCATTTTACTTCAGAGCGTGAATTTGTACAGCTTCTTCACCAAGGTCACCCTGTGGTTGTTGCATTTACCATAAAATGTAACCTCACCAAACGTCTTGATAGAGTACTGGAAGAAGCTGCCGCAGAGTTCCATCCTCATGTCAAATTTATGCGTGTTGA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057806472.1
MVQLIQFSVRFNSIRMEESSLLNKMLLNLRATCKYYTGYPKDLGPSRVLHFTSEREFVQLLHQGHPVVVAFTIKCNLTKRLDRVLEEAAAEFHPHVKFMRVECPKYPGFCITRQKTEYPFIEIFHSPEQAANQVKAVDPNITKYSVRVLPFNYDVSAYGFREYFKRNKIKFSD
XP_057806473.1
MEESSLLNKMLLNLRATCKYYTGYPKDLGPSRVLHFTSEREFVQLLHQGHPVVVAFTIKCNLTKRLDRVLEEAAAEFHPHVKFMRVECPKYPGFCITRQKTEYPFIEIFHSPEQAANQVKAVDPNITKYSVRVLPFNYDVSAYGFREYFKRNKIKFSD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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