当前解析结果
SmilChr04G002187| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002187 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002187 |
| 描述 | glycosyltransferase BC10-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 35342142 - 35349629 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131021339 |
|---|---|
| GeneID | 131021339 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021339 |
| 原始查询 | SmilChr04G002187 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glycosyltransferase BC10-like |
| 产物 | glycosyltransferase BC10-like |
| Arabidopsis | AT2G19160 (AT2G19160)Core-2/I-branching beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816433] identity=64.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os06g0661900- identity=64.9; qcov=0.972; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0016757 (glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02485 (Branch) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021339 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057806479.1 |
| 2 | Golgi stack | 高尔基堆 | 0.20000 | XP_057806479.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057806479.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057806479.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057806479.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:35342724 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B25,C23 |
Chr4:35345389 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B108,B27,C43 |
Chr4:35347824 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B91,C2 |
Chr4:35347986 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C21 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806479.1PF02485
Branch 107-337 aa
XP_057806480.1PF02485
Branch 107-337 aa
XP_057806481.1PF02485
Branch 107-337 aa
XP_057806482.1PF02485
Branch 107-337 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806479.1 |
Pfam | PF02485 |
Branch | Family | 107 | 337 | 5.5e-81 | 272.5 | Core-2/I-Branching enzyme |
XP_057806480.1 |
Pfam | PF02485 |
Branch | Family | 107 | 337 | 5.5e-81 | 272.5 | Core-2/I-Branching enzyme |
XP_057806481.1 |
Pfam | PF02485 |
Branch | Family | 107 | 337 | 5.5e-81 | 272.5 | Core-2/I-Branching enzyme |
XP_057806482.1 |
Pfam | PF02485 |
Branch | Family | 107 | 337 | 5.5e-81 | 272.5 | Core-2/I-Branching enzyme |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
4 records
下载 cDNA FASTA4 records
下载 CDS FASTA4 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。