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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002190

染色体: Chr04 坐标: 35398187-35398858 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002190
名称SmilChr04G002190
描述uncharacterized SmilChr04G002190
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向35398187 - 35398858 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023358
GeneID131023358
locus_tag-
NCBI NameLOC131023358
原始查询SmilChr04G002190

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023358

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808882.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808882.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808882.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808882.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057808882.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:35398229 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 35 A10,A13,A24,B100,B101,B11,B118,B23,B53,B56,B58,B63,B65,B66,B8,B85,B86,B90,B92,B94,B96,C30,C31,C36,C38,C50,C56,C6,C73,C79,C8,C86,D11,D6,D8
Chr4:35398290 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B140
Chr4:35398290 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr4:35398320 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 18 B101,B113,B115,B128,B135,B26,B68,B75,B87,C15,C39,C40,C42,C61,C74,C85,C9,D2
Chr4:35398336 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,C11,C69
Chr4:35398341 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B88
Chr4:35398341 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B88
Chr4:35398383 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B24,B59,B86,C77
Chr4:35398389 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B138
Chr4:35398421 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,C14
Chr4:35398426 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr4:35398488 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,A8,B103,C63,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952899.1
ATGTATCATGAAGCTCAAAAAGAAAATCCAGATGAGATCAGCCAAAGGATTATCGAATCAATGAAAGGTCGTTTTAAACGACTTAATGAAAATGCAAACAAGTGGATTGTTTCTTGCAAAGAAGCAAATGCTAGAAAAAGAAGTGGAATGAGCCAGAAAGATATAGAGATGGAAGCTCACTCAATTTATGAAGCAGGTGGCAGTAAATTCCAAGACTTGGTTGTTTTCAATGATGTTATGTGTAAACATCCGAAGTGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023358
ATGTATCATGAAGCTCAAAAAGAAAATCCAGATGAGATCAGCCAAAGGATTATCGAATCAATGAAAGGTCGTTTTAAACGACTTAATGAAAATGCAAACAAGTGGATTGTTTCTTGCAAAGAAGCAAATGCTAGAAAAAGAAGTGGAATGAGCCAGAAAGATATAGAGATGGAAGCTCACTCAATTTATGAAGCAGGTGGCAGTAAATTCCAAGACTTGGTTGTTTTCAATGATGTTATGTGTAAACATCCGAAGTGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808882.1
MYHEAQKENPDEISQRIIESMKGRFKRLNENANKWIVSCKEANARKRSGMSQKDIEMEAHSIYEAGGSKFQDLVVFNDVMCKHPKWNLAINEVGDDQESGGSTKKSNTSEDGDYFILSNLETLTTGGSTMSRPTSRDKAKRKGKGKAMTSESNEMYEEIRALRFSRYHENELMTAKIELEREKLKMNSLKMEKKMLVALLAKDHLSTEEEEMKSHLIAILFPK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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