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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002196

染色体: Chr04 坐标: 35531323-35532493 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002196
名称SmilChr04G002196
描述cytochrome P450 71B20-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向35531323 - 35532493 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023363
GeneID131023363
locus_tag-
NCBI NameLOC131023363
原始查询SmilChr04G002196

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 71B20-like
产物cytochrome P450 71B20-like
ArabidopsisAT3G26180 (CYP71B20)
cytochrome P450, family 71, subfamily B, polypeptide 20 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822219]
identity=35.2; qcov=1.07; evalue=9.2e-45; confidence=medium
RiceOs02g0185300
-
identity=45.3; qcov=0.451; evalue=1.59e-29; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023363

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057808885.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057808885.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808885.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808885.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808885.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:35531439 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B125,C41
Chr4:35531439 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,C41
Chr4:35531467 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr4:35531469 A ACC 2bp_insertion frameshift_variant 19 A19,A2,A8,B100,B109,B3,B35,B38,B39,B74,B87,C19,C4,C45,C57,C78,C79,C82,D9
Chr4:35531470 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 19 A19,A2,A8,B100,B109,B3,B35,B38,B39,B74,B87,C19,C4,C45,C57,C78,C79,C82,D9
Chr4:35531504 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,B78
Chr4:35531524 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 153 A1,A10,A11,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A3,A7,A8,A9,B10,B100,B101,B103,B104,B108,B109,B111,B113,B115,B117,B12,B122,B123,B124,B126,B127,B128,B131,B134,B135,B136,B138,B139,B140,B2,B21,B23,B24,B25,B26,B27,B3,B30,B31,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B47,B52,B55,B56,B57,B59,B6,B60,B64,B68,B69,B70,B71,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B82,B83,B85,B86,B87,B88,B89,B93,B96,B98,C11,C13,C14,C15,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C28,C32,C37,C38,C39,C4,C40,C42,C43,C44,C45,C47,C48,C49,C5,C50,C54,C55,C57,C59,C60,C61,C63,C65,C67,C68,C69,C7,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C79,C80,C81,C82,C85,C86,C87,C9,D10,D11,D2,D4,D6,D7,D8
Chr4:35531596 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B27,C43
Chr4:35531598 G GTA 2bp_insertion frameshift_variant 80 A14,A4,A7,A9,B102,B104,B105,B106,B107,B109,B119,B121,B129,B13,B130,B134,B14,B15,B18,B19,B2,B22,B29,B33,B34,B36,B40,B44,B49,B5,B54,B59,B61,B65,B7,B70,B72,B74,B77,B78,B79,B8,B83,B9,B91,C12,C15,C17,C19,C20,C24,C28,C29,C30,C31,C33,C35,C38,C40,C42,C45,C46,C48,C51,C52,C53,C54,C60,C65,C70,C71,C74,C75,C77,C8,C80,C81,C83,C84,D1
Chr4:35531658 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,C21,C29
Chr4:35531662 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 139 A1,A11,A16,A18,A19,A2,A21,A3,A4,A6,A7,B10,B102,B105,B108,B109,B111,B113,B114,B115,B117,B119,B12,B121,B123,B124,B126,B127,B129,B13,B130,B135,B136,B137,B14,B140,B15,B17,B18,B19,B21,B22,B24,B26,B27,B29,B3,B32,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B47,B49,B5,B51,B52,B54,B55,B56,B57,B64,B65,B68,B69,B7,B70,B72,B74,B75,B83,B87,B89,B9,B95,B96,B97,B99,C1,C10,C11,C13,C15,C19,C21,C22,C23,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C39,C4,C40,C41,C42,C44,C45,C46,C47,C48,C50,C52,C53,C54,C55,C57,C60,C61,C65,C67,C69,C70,C71,C73,C74,C75,C76,C78,C79,C8,C83,C85,C86,C9,D1,D11,D2,D3,D4,D5,D7,D9
Chr4:35531667 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808885.1
328 aa
N
1
164
328
p450
C
PF00067 p450 175-284 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808885.1 Pfam PF00067 p450 Domain 175 284 2.9e-36 126.0 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952902.1
ATGACCACTGTTGTCATAATCCTACTACTAATTCTGCTTGCTTCAATCCTCTTCCTCCTCCATAGAAGAACACTCCAAAAACCTTCTCATCCTCCTGGCCCCCCCTTGATCGGCAACCTCCACCAACTCGACACTTCTATCTATGGAAACTCACCTACGGCCCTCAAGCTCGGCTCCGTGCCCGCAATCGTGGTTTCATCAGCCGAAATCGGAAAGGAAGTGCTGAAAACGTTAACGCACGACCTCAGCTTCTGCAGCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023363
ATGACCACTGTTGTCATAATCCTACTACTAATTCTGCTTGCTTCAATCCTCTTCCTCCTCCATAGAAGAACACTCCAAAAACCTTCTCATCCTCCTGGCCCCCCCTTGATCGGCAACCTCCACCAACTCGACACTTCTATCTATGGAAACTCACCTACGGCCCTCAAGCTCGGCTCCGTGCCCGCAATCGTGGTTTCATCAGCCGAAATCGGAAAGGAAGTGCTGAAAACGTTAACGCACGACCTCAGCTTCTGCAGCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808885.1
MTTVVIILLLILLASILFLLHRRTLQKPSHPPGPPLIGNLHQLDTSIYGNSPTALKLGSVPAIVVSSAEIGKEVLKTLTHDLSFCSRPKLLGQHRLGHLFRPLWRVVEADEEDLRRPSLERHDVGSNEHAHLQGRVWLSGMITRLDRVFKDLDDFFEERSSFMRTWIRDIFVAGAATIIWAMTALMKNTAAMKRLQKEISELVDDGRQVNEDDLPKLPYLKAVIKETLRLFPPVPLLLHRESMQDCNINGYAIPAKTLNA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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